proFIA: a data preprocessing workflow for flow injection analysis coupled to high-resolution mass spectrometry. - Alexis Delabrière; Ulli M. Hohenester; Benoit Colsch; Christophe Junot; François Fenaille; Etienne A. Thévenot (Bioinform., 2017)

New approaches for processing and annotations of high-throughput metabolomic data obtained by mass spectrometry. (Nouvelles approches pour le traitement et l'annotation des données de métabolomique haut débit obtenues par spectrométrie de masse haute-résolution). - Alexis Delabrière (2018)

mineMS2: annotation of spectral libraries with exact fragmentation patterns. - Alexis Delabrière; Coline Gianfrotta; Sylvain Dechaumet; Annelaure Damont; Thaïs Hautbergue; Pierrick Roger; Emilien L. Jamin; Olivier Puel; Christophe Junot; François Fenaille; Etienne A. Thévenot (J. Cheminformatics, 2025)