scMuffin: an R package to disentangle solid tumor heterogeneity by single-cell gene expression analysis. - Valentina Nale; Alice Chiodi; Noemi Di Nanni; Ingrid Cifola; Marco Moscatelli; Cinzia Cocola; Matteo Gnocchi; Eleonora Piscitelli; Ada Sula; Ileana Zucchi; Rolland A. Reinbold; Luciano Milanesi; et al. (BMC Bioinform., 2023)

Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions. - Giulia Cesaro; James Shiniti Nagai; Nicolò Gnoato; Alice Chiodi; Gaia Tussardi; Vanessa Klöker; Carmelo Vittorio Musumarra; Ettore Mosca; Ivan G. Costa; Barbara Di Camillo; Enrica Calura; Giacomo Baruzzo (Briefings Bioinform., 2025)