Simulation tools for biochemical networks: evaluation of performance and usability. - Antti Pettinen; Tommi Aho; Olli-Pekka Smolander; Tiina Manninen; Antti Saarinen; Kaisa-Leena Taattola; Olli Yli-Harja; Marja-Leena Linne (Bioinform., 2005)

Discrete stochastic simulation of cell signaling: comparison of computational tools. - Tiina Manninen; Eeva Makiraatikka; Antti Ylipää; Antti Pettinen; Kalle Leinonen; Marja-Leena Linne (EMBC, 2006)

Comparison of automated parameter estimation methods for neuronal signaling networks. - Antti Pettinen; Olli Yli-Harja; Marja-Leena Linne (Neurocomputing, 2006)