Overview of the Bacteria Biotope Task at BioNLP Shared Task 2016. - Louise Deléger; Robert Bossy; Estelle Chaix; Mouhamadou Ba; Arnaud Ferré; Philippe Bessières; Claire Nedellec (BioNLP (Shared Task), 2016)

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie. - Vincent Henry; Arnaud Ferré; Christine Froidevaux; Anne Goelzer; Vincent Fromion; Sarah Cohen Boulakia; Sandra Dérozier; Marc Dinh; Ghislain Fiévet; Stephan Fischer 002; Jean-François Gibrat; Valentin Loux; et al. (IC, 2016)

The smell of us - crowdsourcing human body odor evaluation. - Marguerite Benony; Marianne Cardon; Arnaud Ferré; Jean Coquet; Nathan Foulquier; Florian Thonier; Lucas Le Lann; Henry De Belly; Alexandre Evans; Aakriti Jain; Juan Manuel García Arcos; Jason Bland; et al. (Hum. Comput., 2016)

Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task. - Arnaud Ferré; Pierre Zweigenbaum; Claire Nédellec (BioNLP, 2017)

Représentation de termes complexes dans un espace vectoriel relié à une ontologie pour une tâche de catégorisation. - Arnaud Ferré (RJCIA, 2017)

Normalisation de termes complexes par sémantique distributionnelle guidée par une ontologie (Normalization of complex terms with distributional semantics guided by an ontology). - Arnaud Ferré (TALN (RECITAL), 2017)

The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes. - Vincent Henry; Anne Goelzer; Arnaud Ferré; Stephan Fischer 002; Marc Dinh; Valentin Loux; Christine Froidevaux; Vincent Fromion (J. Biomed. Semant., 2017)

Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology. - Arnaud Ferré; Louise Deléger; Pierre Zweigenbaum; Claire Nédellec (LREC, 2018)

Meet-U: Educating through research immersion. - Nika Abdollahi; Alexandre Albani; Éric Anthony; Agnes Baud; Mélissa Cardon; Robert Clerc; Dariusz Czernecki; Romain Conte; Laurent David; Agathe Delaune; Samia Djerroud; Pauline Fourgoux; et al. (PLoS Comput. Biol., 2018)

Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l'alignement d'entités textuelles et de concepts d'ontologie: application à la biologie. (Vector Representations and Machine Learning for Alignment of Text Entities with Ontology Concepts: Application to Biology). - Arnaud Ferré (2019)

Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information. - Arnaud Ferré; Robert Bossy; Mouhamadou Ba; Louise Deléger; Thomas Lavergne; Pierre Zweigenbaum; Claire Nédellec (LREC, 2020)

C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization. - Arnaud Ferré; Louise Deléger; Robert Bossy; Pierre Zweigenbaum; Claire Nédellec (BMC Bioinform., 2020)

Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model? - Mariya Borovikova; Arnaud Ferré; Robert Bossy; Mathieu Roche; Claire Nédellec (NLDB, 2023)

An analysis of entity normalization evaluation biases in specialized domains. - Arnaud Ferré; Philippe Langlais (BMC Bioinform., 2023)

Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition. - Mariya Borovikova; Arnaud Ferré; Robert Bossy; Mathieu Roche; Claire Nédellec (ISMIS, 2024)