Reference databases for taxonomic assignment in metagenomics. - Monica Santamaria; Bruno Fosso; Arianna Consiglio; Giorgio De Caro; Giorgio Grillo; Flavio Licciulli; Sabino Liuni; Marinella Marzano; Daniel Alonso-Alemany; Gabriel Valiente; Graziano Pesole (Briefings Bioinform., 2012)

BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS. - Bruno Fosso; Monica Santamaria; Marinella Marzano; Daniel Alonso-Alemany; Gabriel Valiente; Giacinto Donvito; Alfonso Monaco; Pasquale Notarangelo; Graziano Pesole (BMC Bioinform., 2015)

MetaShot: an accurate workflow for taxon classification of host-associated microbiome from shotgun metagenomic data. - Bruno Fosso; Monica Santamaria; Mattia D'Antonio; Domenica Lovero; Giacomo Corrado; Enrico Vizza; N. Pássaro; Anna Rosa Garbuglia; M. R. Capobianchi; Marco Crescenzi; Gabriel Valiente; Graziano Pesole (Bioinform., 2017)

Unbiased Taxonomic Annotation of Metagenomic Samples. - Bruno Fosso; Graziano Pesole; Francesc Rosselló; Gabriel Valiente (J. Comput. Biol., 2018)

ITSoneDB: a comprehensive collection of eukaryotic ribosomal RNA Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) sequences. - Monica Santamaria; Bruno Fosso; Flavio Licciulli; Bachir Balech; Ilaria Larini; Giorgio Grillo; Giorgio De Caro; Sabino Liuni; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2018)

ITSoneWB: profiling global taxonomic diversity of eukaryotic communities on Galaxy. - Marco Antonio Tangaro; Giuseppe Defazio; Bruno Fosso; Vito Flavio Licciulli; Giorgio Grillo; Giacinto Donvito; Enrico Lavezzo; Giacomo Baruzzo; Graziano Pesole; Monica Santamaria (Bioinform., 2021)

kMetaShot: a fast and reliable taxonomy classifier for metagenome-assembled genomes. - Giuseppe Defazio; Marco Antonio Tangaro; Graziano Pesole; Bruno Fosso (Briefings Bioinform., 2024)