SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology. - Diego C. B. Mariano; Felipe L. Pereira; Edgar L. Aguiar; Letícia de Castro Oliveira; Leandro Benevides; Luis Guimarães; Edson Luiz Folador; Thiago J. Sousa; Preetam Ghosh; Debmalya Barh; Henrique C. P. Figueiredo; Artur Silva; et al. (BMC Bioinform., 2016)

Proteingo: Motivation, user experience, and learning of molecular interactions in biological complexes. - Marcos Felipe Martins Silva; Pedro M. Martins 001; Diego C. B. Mariano; Lucianna Helene Santos; Isabela Pastorini; Naiara Pantuza; Cristiane Neri Nobre; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Entertain. Comput., 2019)

Uso de assinaturas estruturais para proposta de mutações em enzimas β-glicosidase usadas na produção de biocombustíveis - Diego C. B. Mariano (2019)

A Brief History of Bioinformatics Told by Data Visualization. - Diego C. B. Mariano; Mívian M. Ferreira; Bruno Luan de Sousa; Lucianna Helene Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2020)

Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures. - José Renato M. S. Barroso; Diego C. B. Mariano; Sandro R. Dias; Rafael E. O. Rocha; Lucianna Helene Santos; Ronaldo Alves Pinto Nagem; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BMC Bioinform., 2020)

Propedia: a database for protein-peptide identification based on a hybrid clustering algorithm. - Pedro M. Martins 001; Lucianna Helene Santos; Diego C. B. Mariano; Felippe C. Queiroz; Luana L. Bastos; Isabela de Souza Gomes; Pedro H. C. Fischer; Rafael E. O. Rocha; Sabrina de Azevedo Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Mariana T. Q. de Magalhães; Maria G. A. Oliveira; et al. (BMC Bioinform., 2021)

VTR: A Web Tool for Identifying Analogous Contacts on Protein Structures and Their Complexes. - Vitor Pimentel; Diego C. B. Mariano; Letícia Xavier Silva Cantão; Luana Luiza Bastos; Pedro H. C. Fischer; Leonardo Henrique Franca de Lima; Alexandre Victor Fassio; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2021)

From In-Person to the Online World: Insights Into Organizing Events in Bioinformatics. - Alessandra Lima da Silva; Ana Paula de Abreu; Diego C. B. Mariano; Felipe Caixeta; Fenícia Brito Santos; Fernanda Stussi D. Lage; Gabriel Quintanilha-Peixoto; Heron O. Hilário; Joicymara S. Xavier; Lucio R. Queiroz; Nayara Evelin de Toledo; Raphael Tavares; et al. (Frontiers Bioinform., 2021)

Using Natural Language Processing for Context Identification in COVID-19 Literature. - Frederico Chaves Carvalho; Diego C. B. Mariano; Marcos Bomfim; Giovana Fiorini; Luana L. Bastos; Ana Paula de Abreu; Vivian Paixão; Lucas Moraes dos Santos; Juliana Silva; Angie Puelles; Alessandra Lima da Silva; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Peptide-Protein Interface Classification Using Convolutional Neural Networks. - Lucas Moraes dos Santos; Diego C. B. Mariano; Luana Luiza Bastos; Alessandra Gomes Cioletti; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Editorial: Bioinformatics in the age of data science: algorithms, methods, and tools applied from Omics to structural data. - Diego C. B. Mariano; Néli José da Fonseca Jr.; Lucianna Helene Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)

Propedia v2.3: A novel representation approach for the peptide-protein interaction database using graph-based structural signatures. - Pedro Martins; Diego C. B. Mariano; Frederico Chaves Carvalho; Luana Luiza Bastos; Lucas Moraes; Vivian Morais Paixão; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)

ViPeC: Vision transformer-based approach for Peptide-protein interface Classification. - Lucas Moraes dos Santos; Diego C. B. Mariano; Raquel Cardoso de Melo Minardi (CIBCB, 2024)