Realizability and Strong Normalization for a Curry-Howard Interpretation of HA + EM1. - Federico Aschieri; Stefano Berardi; Giovanni Birolo (CSL, 2013)

Interpreting a Classical Geometric Proof with Interactive Realizability. - Giovanni Birolo (COS, 2013)

A Monadic Framework for Interactive Realizability. - Giovanni Birolo (CoRR, 2013)

Interactive Realizability, Monads and Witness Extraction - Giovanni Birolo (CoRR, 2013)

A Witness Extraction Technique by Proof Normalization Based on Interactive Realizability - Giovanni Birolo (CoRR, 2013)

QueryOR: a comprehensive web platform for genetic variant analysis and prioritization. - Loris Bertoldi; Claudio Forcato; Nicola Vitulo; Giovanni Birolo; Fabio De Pascale; Erika Feltrin; Riccardo Schiavon; Franca Anglani; Susanna Negrisolo; Alessandra Zanetti; Francesca D'Avanzo; Rosella Tomanin; et al. (BMC Bioinform., 2017)

covtobed: a simple and fast tool to extract coverage tracks from BAM files. - Giovanni Birolo; Andrea Telatin (J. Open Source Softw., 2020)

Overview of iDPP@CLEF 2022: The Intelligent Disease Progression Prediction Challenge. - Alessandro Guazzo; Isotta Trescato; Enrico Longato; Enidia Hazizaj; Dennis Dosso; Guglielmo Faggioli; Giorgio Maria Di Nunzio; Gianmaria Silvello; Martina Vettoretti; Erica Tavazzi; Chiara Roversi; Piero Fariselli; et al. (CLEF (Working Notes), 2022)

Intelligent Disease Progression Prediction: Overview of iDPP@CLEF 2022. - Alessandro Guazzo; Isotta Trescato; Enrico Longato; Enidia Hazizaj; Dennis Dosso; Guglielmo Faggioli; Giorgio Maria Di Nunzio; Gianmaria Silvello; Martina Vettoretti; Erica Tavazzi; Chiara Roversi; Piero Fariselli; et al. (CLEF, 2022)

Multi-Event Survival Prediction for Amyotrophic Lateral Sclerosis. - Corrado Pancotti; Giovanni Birolo; Tiziana Sanavia; Cesare Rollo; Piero Fariselli (CLEF (Working Notes), 2022)

Predicting protein stability changes upon single-point mutation: a thorough comparison of the available tools on a new dataset. - Corrado Pancotti; Silvia Benevenuta; Giovanni Birolo; Virginia Alberini; Valeria Repetto; Tiziana Sanavia; Emidio Capriotti; Piero Fariselli (Briefings Bioinform., 2022)

BamToCov: an efficient toolkit for sequence coverage calculations. - Giovanni Birolo; Andrea Telatin (Bioinform., 2022)

DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants. - Ludovica Montanucci; Emidio Capriotti; Giovanni Birolo; Silvia Benevenuta; Corrado Pancotti; Dennis Lal; Piero Fariselli (Nucleic Acids Res., 2022)

Overview of iDPP@CLEF 2023: The Intelligent Disease Progression Prediction Challenge. - Guglielmo Faggioli; Alessandro Guazzo; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Isotta Trescato; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; et al. (CLEF (Working Notes), 2023)

Intelligent Disease Progression Prediction: Overview of iDPP@CLEF 2023. - Guglielmo Faggioli; Alessandro Guazzo; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Isotta Trescato; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; et al. (CLEF, 2023)

Multiple Sclerosis Survival Prediction Results from DSM-COMPBIO UNITO. - Ivan Rossi; Giovanni Birolo; Piero Fariselli (CLEF (Working Notes), 2023)

How good Neural Networks interpretation methods really are? A quantitative benchmark. - Antoine Passemiers; Pietro Folco; Daniele Raimondi; Giovanni Birolo; Yves Moreau; Piero Fariselli (CoRR, 2023)

Recombulator-X: A fast and user-friendly tool for estimating X chromosome recombination rates in forensic genetics. - Serena Aneli; Piero Fariselli; Elena Chierto; Carla Bini; Carlo Robino; Giovanni Birolo (PLoS Comput. Biol., 2023)

BRAINTEASER ALS and MS Datasets. - Guglielmo Faggioli; Alessandro Guazzo; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Isotta Trescato; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; et al. (Zenodo, 2023)

Artificial intelligence and statistical methods for stratification and prediction of progression in amyotrophic lateral sclerosis: A systematic review. - Erica Tavazzi; Enrico Longato; Martina Vettoretti; Helena Aidos; Isotta Trescato; Chiara Roversi; Andreia S. Martins; Eduardo N. Castanho; Ruben Branco; Diogo F. Soares; Alessandro Guazzo; Giovanni Birolo; et al. (Artif. Intell. Medicine, 2023)

iDPP@CLEF 2023 - Participants' repositories for the Intelligent Disease Prediction Progression Challenge. - Guglielmo Faggioli; Alessandro Guazzo; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Isotta Trescato; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; et al. (Zenodo, 2023)

ALSFRS-R Score Prediction for Amyotrophic Lateral Sclerosis. - Guido Barducci; Flavio Sartori; Giovanni Birolo; Tiziana Sanavia; Piero Fariselli (CLEF (Working Notes), 2024)

Overview of iDPP@CLEF 2024: The Intelligent Disease Progression Prediction Challenge. - Giovanni Birolo; Pietro Bosoni; Guglielmo Faggioli; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; Giorgio Maria Di Nunzio; Piero Fariselli; Jose Manuel García Dominguez; et al. (CLEF (Working Notes), 2024)

Intelligent Disease Progression Prediction: Overview of iDPP@CLEF 2024. - Giovanni Birolo; Pietro Bosoni; Guglielmo Faggioli; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; Giorgio Maria Di Nunzio; Piero Fariselli; Jose Manuel García Dominguez; et al. (CLEF (2), 2024)

SYNDSURV: A simple framework for survival analysis with data distributed across multiple institutions. - Cesare Rollo; Corrado Pancotti; Giovanni Birolo; Ivan Rossi; Tiziana Sanavia; Piero Fariselli (Comput. Biol. Medicine, 2024)

Parallel intersection counting on shared-memory multiprocessors and GPUs. - Moreno Marzolla; Giovanni Birolo; Gabriele D'Angelo; Piero Fariselli (Future Gener. Comput. Syst., 2024)

BRAINTEASER ALS and MS Datasets. - Guglielmo Faggioli; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Pietro Bosoni; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; Giorgio Maria Di Nunzio; et al. (Zenodo, 2024)

iDPP@CLEF 2024 - Participants' repositories for the Intelligent Disease Prediction Progression Challenge. - Giovanni Birolo; Pietro Bosoni; Guglielmo Faggioli; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; Giorgio Maria Di Nunzio; Piero Fariselli; Jose Manuel García Dominguez; et al. (Zenodo, 2024)

VAE-Surv: A novel approach for genetic-based clustering and prognosis prediction in myelodysplastic syndromes. - Cesare Rollo; Corrado Pancotti; Flavio Sartori; Isabella Caranzano; Saverio D'Amico; Luciana Carota; Francesco Casadei; Giovanni Birolo; Luca Lanino; Elisabetta Sauta; Gianluca Asti; Alessandro Buizza; et al. (Comput. Methods Programs Biomed., 2025)

BRAINTEASER ALS and MS Datasets. - Guglielmo Faggioli; Stefano Marchesin 001; Laura Menotti; Helena Aidos; Roberto Bergamaschi; Giovanni Birolo; Pietro Bosoni; Paola Cavalla; Adriano Chiò; Arianna Dagliati; Mamede de Carvalho; Giorgio Maria Di Nunzio; et al. (Zenodo, 2025)

SurvHive: a package to consistently access multiple survival-analysis packages. - Giovanni Birolo; Ivan Rossi; Flavio Sartori; Cesare Rollo; Tiziana Sanavia; Piero Fariselli (CoRR, 2025)

Beyond Cox Models: Assessing the Performance of Machine-Learning Methods in Non-Proportional Hazards and Non-Linear Survival Analysis. - Ivan Rossi; Flavio Sartori; Cesare Rollo; Giovanni Birolo; Piero Fariselli; Tiziana Sanavia (CoRR, 2025)