Genotyping inversions and tandem duplications. - Jana Ebler; Alexander Schönhuth; Tobias Marschall (Bioinform., 2017)

BubbleGun: enumerating bubbles and superbubbles in genome graphs. - Fawaz Dabbaghie; Jana Ebler; Tobias Marschall (Bioinform., 2022)

Design und Anwendung von Algorithmen für die Genominferenz. - Jana Ebler (Ausgezeichnete Informatikdissertationen, 2023)