Redes neurais residuais profundas e autômatos celulares como modelos para predição que fornecem informação sobre a formação de estruturas secundárias proteicas. - José Geraldo de Carvalho Pereira (2018)

ParKVFinder: A thread-level parallel approach in biomolecular cavity detection. - João Victor da Silva Guerra; Helder Veras Ribeiro filho; Leandro Oliveira Bortot; Rodrigo Vargas Honorato; José Geraldo de Carvalho Pereira; Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira (SoftwareX, 2020)

pyKVFinder: an efficient and integrable Python package for biomolecular cavity detection and characterization in data science. - João Victor da Silva Guerra; Helder Veras Ribeiro filho; Gabriel Ernesto Jara; Leandro Oliveira Bortot; José Geraldo de Carvalho Pereira; Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira (BMC Bioinform., 2021)

KVFinder-web: a web-based application for detecting and characterizing biomolecular cavities. - João Victor da Silva Guerra; Helder Veras Ribeiro filho; José Geraldo de Carvalho Pereira; Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira (Nucleic Acids Res., 2023)

Exploring the potential of structure-based deep learning approaches for T cell receptor design. - Helder Veras Ribeiro filho; Gabriel Ernesto Jara; João Victor da Silva Guerra; Melyssa Cheung; Nathaniel R. Felbinger; José Geraldo de Carvalho Pereira; Brian G. Pierce; Paulo Sérgio Lopes-de-Oliveira (PLoS Comput. Biol., 2024)