Propedia: a database for protein-peptide identification based on a hybrid clustering algorithm. - Pedro M. Martins 001; Lucianna Helene Santos; Diego C. B. Mariano; Felippe C. Queiroz; Luana L. Bastos; Isabela de Souza Gomes; Pedro H. C. Fischer; Rafael E. O. Rocha; Sabrina de Azevedo Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Mariana T. Q. de Magalhães; Maria G. A. Oliveira; et al. (BMC Bioinform., 2021)

VTR: A Web Tool for Identifying Analogous Contacts on Protein Structures and Their Complexes. - Vitor Pimentel; Diego C. B. Mariano; Letícia Xavier Silva Cantão; Luana Luiza Bastos; Pedro H. C. Fischer; Leonardo Henrique Franca de Lima; Alexandre Victor Fassio; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2021)

Using Natural Language Processing for Context Identification in COVID-19 Literature. - Frederico Chaves Carvalho; Diego C. B. Mariano; Marcos Bomfim; Giovana Fiorini; Luana L. Bastos; Ana Paula de Abreu; Vivian Paixão; Lucas Moraes dos Santos; Juliana Silva; Angie Puelles; Alessandra Lima da Silva; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Peptide-Protein Interface Classification Using Convolutional Neural Networks. - Lucas Moraes dos Santos; Diego C. B. Mariano; Luana Luiza Bastos; Alessandra Gomes Cioletti; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Propedia v2.3: A novel representation approach for the peptide-protein interaction database using graph-based structural signatures. - Pedro Martins; Diego C. B. Mariano; Frederico Chaves Carvalho; Luana Luiza Bastos; Lucas Moraes; Vivian Morais Paixão; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)