miR-EdiTar: a database of predicted A-to-I edited miRNA target sites. - Alessandro Laganà; Alessio Paone; Dario Veneziano; Luciano Cascione; Pierluigi Gasparini; Stefania Carasi; Francesco Russo 004; Giovanni Nigita; Valentina Macca; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha; et al. (Bioinform., 2012)

cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Correction to: cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

A Reliable Method to Remove Batch Effects Maintaining Group Differences in Lymphoma Methylation Case Study. - Giulia Pontali; Luciano Cascione; Alberto J. Arribas; Andrea Rinaldi; Francesco Bertoni; Rosalba Giugno (IWBBIO (2), 2019)

RNAdetector: a free user-friendly stand-alone and cloud-based system for RNA-Seq data analysis. - Alessandro La Ferlita; Salvatore Alaimo; Sebastiano Di Bella; Emanuele Martorana; Georgios I. Laliotis; Francesco Bertoni; Luciano Cascione; Philip N. Tsichlis; Alfredo Ferro; Roberta Bosotti; Alfredo Pulvirenti (BMC Bioinform., 2021)

DiGAS: Differential gene allele spectrum as a descriptor in genetic studies. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Simone Avesani; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2024)

EasyCircR: Detection and reconstruction of circular RNAs post-transcriptional regulatory interaction networks. - Antonino Aparo; Simone Avesani; Luca Parmigiani; Sara Napoli; Francesco Bertoni; Vincenzo Bonnici; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2025)