A program to visualize multiple alignments. - Daniel A. S. Anjos; Rodrigo Coimbra; Shana Santos; Maria Jose Carvalho; Marcelo M. Brigido; Maria Emília Telles Walter (WOB, 2004)

A Method for Comparing Three Genomes. - Guilherme P. Telles; Marcelo M. Brigido; Nalvo F. Almeida; Carlos Juliano M. Viana; Daniel A. S. Anjos; Maria Emília Telles Walter (BSB, 2005)

A Method for Inferring Biological Functions Using Homologous Genes Among Three Genomes. - Daniel A. S. Anjos; Gustavo G. Zerlotini; Guilherme A. Pinto; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido; Guilherme P. Telles; Carlos Juliano M. Viana; Nalvo F. Almeida (BSB, 2007)

Outlining a Strategy for Screening Non-coding RNAs on a Transcriptome Through Support Vector Machines. - Roberto T. Arrial; Roberto C. Togawa; Marcelo M. Brigido (BSB, 2007)

Using BioAgentsfor Supporting Manual Annotation on Genome Sequencing Projects. - Célia Ghedini Ralha; Hugo W. Schneider; Lucas O. da Fonseca; Maria Emília M. T. Walter; Marcelo M. Brigido (BSB, 2008)

SOM-PORTRAIT: Identifying Non-coding RNAs Using Self-Organizing Maps. - Tulio C. Silva; Pedro A. Berger; Roberto T. Arrial; Roberto C. Togawa; Marcelo M. Brigido; Maria Emília M. T. Walter (BSB, 2009)

Screening non-coding RNAs in transcriptomes from neglected species using PORTRAIT: case study of the pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis. - Roberto T. Arrial; Roberto C. Togawa; Marcelo M. Brigido (BMC Bioinform., 2009)

A Multi-agent Tool to Annotate Biological Sequences. - Célia Ghedini Ralha; Hugo W. Schneider; Maria Emília M. T. Walter; Marcelo M. Brigido (ICAART (2), 2011)

Regene: Automatic Construction of a Multiple Component Dirichlet Mixture Priors Covariance Model to Identify Non-coding RNA. - Felipe Lessa; Daniele Martins Neto; Katia S. Guimarães; Marcelo M. Brigido; Maria Emília Telles Walter (ISBRA, 2011)

kGC: Finding Groups of Homologous Genes across Multiple Genomes. - Guilherme P. Telles; Nalvo F. Almeida; Marcelo M. Brigido; Paulo Antonio Alvarez; Maria Emília Telles Walter (BSB, 2011)

A Bioconductor Based Workflow for Z-DNA Region Detection and Biological Inference. - Halian Vilela; Tainá Raiol; Andrea Queiroz Maranhão; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido (BSB, 2012)

ncRNA-Agents: A Multiagent System for Non-coding RNA Annotation. - Wosley Arruda; Célia Ghedini Ralha; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Maria Emília M. T. Walter; Peter F. Stadler (BSB, 2013)

A Pipeline to Characterize Virulence Factors in Mycobacterium Massiliense Genome. - Guilherme Menegói; Tainá Raiol; João Victor de Araújo Oliveira; Edans Flavius de Oliveira Sandes; Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo; Andrea Queiroz Maranhão; Ildinete Silva-Pereira; Anamélia Lorenzetti Bocca; Ana Paula Junqueira-Kipnis; Maria Emília M. T. Walter; André Kipnis; Marcelo de Macedo Brígido (BSB, 2013)

Genome-Wide Identification of Non-coding RNAs in Komagatella pastoris str. GS115. - Hugo W. Schneider; Sebastian Bartschat; Gero Doose; Lucas Maciel 001; Erick Pizani; Marcelo Bassani; Fernando Araripe Torres; Sebastian Will; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Maria Emília Telles Walter; Peter F. Stadler (BSB, 2014)

Knowledge-based reasoning to annotate noncoding RNA using multi-agent system. - Wosley Arruda; Daniel S. Souza; Célia Ghedini Ralha; Maria Emília M. T. Walter; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Peter F. Stadler (J. Bioinform. Comput. Biol., 2015)

2Path: A terpenoid metabolic network modeled as graph database. - Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Danilo Vilar; Daniel S. Souza; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido; Maristela Holanda (BIBM, 2016)

A terpenoid metabolic network modelled as graph database. - Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Danilo Vilar; Daniel S. Souza; Maria Emília Telles Walter; Maristela Terto de Holanda; Marcelo de Macedo Brígido (Int. J. Data Min. Bioinform., 2017)

S^2FS : Single Score Feature Selection Applied to the Problem of Distinguishing Long Non-coding RNAs from Protein Coding Transcripts. - Bruno C. Kümmel; André C. P. L. F. de Carvalho; Marcelo M. Brigido; Célia Ghedini Ralha; Maria Emília M. T. Walter (BSB, 2018)

Graph Databases in Molecular Biology. - Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Polyane Wercelens; Maria Emília M. T. Walter; Maristela Holanda; Marcelo M. Brigido (BSB, 2018)

Human-Computer Interaction Communicability Evaluation Method Applied to Bioinformatics. - Gabriella Esteves; Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido; Fernanda Lima (WorldCIST (2), 2018)

Live neighbor-joining. - Guilherme P. Telles; Graziela S. Araújo; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido; Nalvo F. Almeida (BMC Bioinform., 2018)

Venom Gland Peptides of Arthropods from the Brazilian Cerrado Biome Unveiled by Transcriptome Analysis. - Giovanni M. Guidini; Waldeyr M. C. Silva; Thalita S. Camargos; Caroline F. B. Mourão; Priscilla Galante; Tainá Raiol; Marcelo de Macedo Brígido; Maria Emília M. T. Walter; Elisabeth N. F. Schwartz (BSB, 2019)

Anti-CD3 Stimulated T Cell Transcriptome Reveals Novel ncRNAs and Correlates with a Suppressive Profile. - Manuela M. do Almo; Isabel G. Sousa; Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Thomas Gatter; Peter F. Stadler; Steve Hoffmann; Andrea Queiroz Maranhão; Marcelo M. Brigido (BSB, 2020)

Computational Simulations for Cyclizations Catalyzed by Plant Monoterpene Synthases. - Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva; Daniela P. de Andrade; Jakob L. Andersen; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido; Peter F. Stadler; Christoph Flamm (BSB, 2020)

transcAnalysis: A Snakemake Pipeline for Differential Expression and Post-transcriptional Modification Analysis. - Pedro H. A. Barros; Waldeyr M. C. Silva; Marcelo M. Brigido (BSB, 2023)