Constructing String Graphs in External Memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (WABI, 2014)

FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly of Reads Data. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (ISBRA, 2016)

Fully Dynamic de Bruijn Graphs. - Djamal Belazzougui; Travis Gagie; Veli Mäkinen; Marco Previtali (SPIRE, 2016)

A New Lightweight Algorithm to compute the BWT and the LCP array of a Set of Strings. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Serena Nicosia; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CoRR, 2016)

LSG: An External-Memory Tool to Compute String Graphs for Next-Generation Sequencing Data Assembly. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2016)

Mapping RNA-seq Data to a Transcript Graph via Approximate Pattern Matching to a Hypertext. - Stefano Beretta 001; Paola Bonizzoni; Luca Denti; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (AlCoB, 2017)

An External-Memory Algorithm for String Graph Construction. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (Algorithmica, 2017)

Computing the BWT and LCP array of a Set of Strings in External Memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CoRR, 2017)

FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2017)

Self-indexing for de novo assembly. - Marco Previtali (2017)

Divide and Conquer Computation of the Multi-string BWT and LCP Array. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Serena Nicosia; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CiE, 2018)

ASGAL: aligning RNA-Seq data to a splicing graph to detect novel alternative splicing events. - Luca Denti; Raffaella Rizzi; Stefano Beretta 001; Gianluca Della Vedova; Marco Previtali; Paola Bonizzoni (BMC Bioinform., 2018)

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs. - Djamal Belazzougui; Travis Gagie; Veli Mäkinen; Marco Previtali; Simon J. Puglisi (Int. J. Found. Comput. Sci., 2018)

Multithread Multistring Burrows-Wheeler Transform and Longest Common Prefix Array. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2019)

Overlap graphs and de Bruijn graphs: data structures for de novo genome assembly in the big data era. - Raffaella Rizzi; Stefano Beretta 001; Murray Patterson; Yuri Pirola; Marco Previtali; Gianluca Della Vedova; Paola Bonizzoni (Quant. Biol., 2019)

Graph Theory and Definitions. - Stefano Beretta 001; Luca Denti; Marco Previtali (Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology (1), 2019)

Network Properties. - Stefano Beretta 001; Luca Denti; Marco Previtali (Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology (1), 2019)

Triplet-based similarity score for fully multilabeled trees with poly-occurring labels. - Simone Ciccolella; Giulia Bernardini 001; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Marco Previtali; Gianluca Della Vedova (Bioinform., 2021)

Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample. - Luca Denti; Yuri Pirola; Marco Previtali; Tamara Ceccato; Gianluca Della Vedova; Raffaella Rizzi; Paola Bonizzoni (Bioinform., 2021)

Computing the multi-string BWT and LCP array in external memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (Theor. Comput. Sci., 2021)

MALVIRUS: an integrated application for viral variant analysis. - Simone Ciccolella; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali (BMC Bioinform., 2021)

Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approaches. - Paola Bonizzoni; Matteo Costantini; Clelia de Felice; Alessia Petescia; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi; Jens Stoye; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (Inf. Sci., 2022)