An Ontology to Integrate Transcriptomics and Interatomics Data Involved in Gene Pathways of Genome Stability. - Giovani Rubert Librelotto; José Carlos Merino Mombach; Marialva Sinigaglia; Éder Simão; Heleno Borges Cabral; Mauro A. A. Castro (BSB, 2009)

ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. - Mauro A. A. Castro; José L. Rybarczyk Filho; Rodrigo J. S. Dalmolin; Marialva Sinigaglia; José C. F. Moreira; José C. M. Mombach; Rita M. C. de Almeida (Bioinform., 2009)

Reconstruction of MHC Alleles by Cross Modeling and Structural Assessment. - Cassiana Chassot Fulber; Dinler Amaral Antunes; Maurício Menegatti Rigo; José Artur Bogo Chies; Marialva Sinigaglia; Gustavo Fioravanti Vieira (BIOCOMP, 2010)

CrossTope: a curate repository of 3D structures of immunogenic peptide: MHC complexes. - Marialva Sinigaglia; Dinler Amaral Antunes; Maurício Menegatti Rigo; José Artur Bogo Chies; Gustavo Fioravanti Vieira (Database J. Biol. Databases Curation, 2013)

The Wnt pathway can stabilize hybrid phenotypes in the epithelial-mesenchymal transition: A logical modeling approach. - Daner Acunha Silveira; Shantanu Gupta; Marialva Sinigaglia; José Carlos Merino Mombach (Comput. Biol. Chem., 2022)

Proposta de uma Ontologia de Domínio para a Visualização Sistêmica do Paciente Oncopediátrico (Proposal of a Domain Ontology for Systemic View of Oncopediatric Patients). - Mariana C. Pereira; Marialva Sinigaglia; Sílvio C. Cazella (ONTOBRAS, 2023)

Domain ontology proposition for central nervous system tumors in pediatric patients. - Mariana C. Pereira; Mell A. Matsuda; Lucas N. Lanferdini; Marialva Sinigaglia; Sílvio C. Cazella (ONTOBRAS, 2024)

Jogo Digital baseado em Narrativa Interativa aplicado ao Treinamento na Realização do Diagnóstico Precoce do Câncer Infantojuvenil. - Felipe de Assis Ribeiro; Marialva Sinigaglia; Isabel Cristina Siqueira da Silva (SBGames, 2024)

Hypoxia-driven hybrid phenotypes in Ewing sarcoma: Insights from computational epithelial-mesenchymal transition modeling. - Daner Acunha Silveira; Shantanu Gupta; André T. Brunetto; José Carlos Merino Mombach; Marialva Sinigaglia (J. Comput. Sci., 2024)