Dynamic Phylogenetic Inference for Sequence-based Typing Data. - Alexandre P. Francisco; Marta Nascimento; Cátia Vaz (BCB, 2017)

PHYLOViZ 2.0: providing scalable data integration and visualization for multiple phylogenetic inference methods. - Marta Nascimento; Adriano Sousa; Mário Ramirez; Alexandre P. Francisco; João A. Carriço; Cátia Vaz (Bioinform., 2017)

Distance-based phylogenetic inference from typing data: a unifying view. - Cátia Vaz; Marta Nascimento; João A. Carriço; Tatiana Rocher; Alexandre P. Francisco (Briefings Bioinform., 2021)