Linking Alterations in Metabolic Fluxes with Shifts in Metabolite Levels by Means of Kinetic Modeling. - Chiara Damiani; Riccardo Colombo; Marzia Di Filippo; Dario Pescini; Giancarlo Mauri (WIVACE, 2016)

Constraint-Based Modeling and Simulation of Cell Populations. - Marzia Di Filippo; Chiara Damiani; Riccardo Colombo; Dario Pescini; Giancarlo Mauri (WIVACE, 2016)

Zooming-in on cancer metabolic rewiring with tissue specific constraint-based models. - Marzia Di Filippo; Riccardo Colombo; Chiara Damiani; Dario Pescini; Daniela Gaglio; Marco Vanoni; Lilia Alberghina; Giancarlo Mauri (Comput. Biol. Chem., 2016)

popFBA: tackling intratumour heterogeneity with Flux Balance Analysis. - Chiara Damiani; Marzia Di Filippo; Dario Pescini; Davide Maspero; Riccardo Colombo; Giancarlo Mauri (Bioinform., 2017)

Integration of transcriptomic data and metabolic networks in cancer samples reveals highly significant prognostic power. - Alex Graudenzi; Davide Maspero; Marzia Di Filippo; Marco Gnugnoli; Claudio Isella; Giancarlo Mauri; Enzo Medico; Marco Antoniotti; Chiara Damiani (J. Biomed. Informatics, 2018)

Integration of Single-Cell RNA-Sequencing Data into Flux Balance Cellular Automata. - Davide Maspero; Marzia Di Filippo; Fabrizio Angaroni; Dario Pescini; Giancarlo Mauri; Marco Vanoni; Alex Graudenzi; Chiara Damiani (CIBB, 2019)

Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism. - Chiara Damiani; Davide Maspero; Marzia Di Filippo; Riccardo Colombo; Dario Pescini; Alex Graudenzi; Hans V. Westerhoff; Lilia Alberghina; Marco Vanoni; Giancarlo Mauri (PLoS Comput. Biol., 2019)

New constraint-based approaches to tackle the multiple sides of cell metabolic plasticity and heterogeneity. - Marzia Di Filippo (2019)

The Influence of Nutrients Diffusion on a Metabolism-driven Model of a Multi-cellular System. - Davide Maspero; Chiara Damiani; Marco Antoniotti; Alex Graudenzi; Marzia Di Filippo; Marco Vanoni; Giulio Caravagna; Riccardo Colombo; Daniele Ramazzotti; Dario Pescini (Fundam. Informaticae, 2020)

GPRuler: Metabolic gene-protein-reaction rules automatic reconstruction. - Marzia Di Filippo; Chiara Damiani; Dario Pescini (PLoS Comput. Biol., 2021)

INTEGRATE: Model-based multi-omics data integration to characterize multi-level metabolic regulation. - Marzia Di Filippo; Dario Pescini; Bruno Giovanni Galuzzi; Marcella Bonanomi; Daniela Gaglio; Eleonora Mangano; Clarissa Consolandi; Lilia Alberghina; Marco Vanoni; Chiara Damiani (PLoS Comput. Biol., 2022)