Discovering chimeric transcripts in paired-end RNA-seq data by using EricScript. - Matteo Benelli; Chiara Pescucci; Giuseppina Marseglia; Marco Severgnini; Francesca Torricelli; Alberto Magi (Bioinform., 2012)

Read count approach for DNA copy number variants detection. - Alberto Magi; Lorenzo Tattini; Tommaso Pippucci; Francesca Torricelli; Matteo Benelli (Bioinform., 2012)

H3M2: detection of runs of homozygosity from whole-exome sequencing data. - Alberto Magi; Lorenzo Tattini; Flavia Palombo; Matteo Benelli; Alessandro Gialluisi; Betti Giusti; Rosanna Abbate; Marco Seri; Gian Franco Gensini; Giovanni Romeo; Tommaso Pippucci (Bioinform., 2014)

Tumor purity quantification by clonal DNA methylation signatures. - Matteo Benelli; Dario Romagnoli; Francesca Demichelis (Bioinform., 2018)

MIMESIS: minimal DNA-methylation signatures to quantify and classify tumor signals in tissue and cell-free DNA samples. - Dario Romagnoli; Agostina Nardone; Francesca Galardi; Marta Paoli; Francesca De Luca; Chiara Biagioni; Gian Marco Franceschini; Marta Pestrin; Giuseppina Sanna; Erica Moretti; Francesca Demichelis; Ilenia Migliaccio; et al. (Briefings Bioinform., 2023)