HT-RLS: High-Throughput Web Tool for Analysis of DNA Microarray Data Using RLS classifiers. - Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Mattia D'Antonio; Annarita D'Addabbo; Sabino Liuni; Flavio Mignone; Graziano Pesole; Nicola Ancona (CCGRID, 2008)

ASPicDB: A database resource for alternative splicing analysis. - Tiziana Castrignanò; Mattia D'Antonio; Anna Anselmo; Danilo Carrabino; A. D'Onorio De Meo; Anna Maria D'Erchia; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; Ernesto Picardi; Alberto Riva; et al. (Bioinform., 2008)

Radiation Genes: a database devoted to microarrays screenings revealing transcriptome alterations induced by ionizing radiation in mammalian cells. - Francesco Chiani; Camilla Iannone; Rodolfo Negri; Daniele Paoletti; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò (Database J. Biol. Databases Curation, 2009)

ExpEdit: a webserver to explore human RNA editing in RNA-Seq experiments. - Ernesto Picardi; Mattia D'Antonio; Danilo Carrabino; Tiziana Castrignanò; Graziano Pesole (Bioinform., 2011)

ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing. - Pier Luigi Martelli; Mattia D'Antonio; Paola Bonizzoni; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Paolo D'Onorio De Meo; Piero Fariselli; Michele Finelli; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; et al. (Nucleic Acids Res., 2011)

MitoZoa 2.0: a database resource and search tools for comparative and evolutionary analyses of mitochondrial genomes in Metazoa. - Paolo D'Onorio De Meo; Mattia D'Antonio; Francesca Griggio; Renato Lupi; Massimiliano Borsani; Giulio Pavesi; Tiziana Castrignanò; Graziano Pesole; Carmela Gissi (Nucleic Acids Res., 2012)

WEP: a high-performance analysis pipeline for whole-exome data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Berardino Elmi; Matteo Pallocca; Nico Sanna; Ernesto Picardi; Graziano Pesole; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2013)

SpliceAid-F: a database of human splicing factors and their RNA-binding sites. - Matteo Giulietti; Francesco Piva; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Ernesto Picardi; Federico Zambelli; Giovanni Principato; Giulio Pavesi; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2013)

ODESSA: A high performance analysis pipeline for Ultra Deep targeted Exome Sequencing data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò; Giovanni Erbacci; Matteo Pallocca; Graziano Pesole (HPCS, 2014)

Characterization of Genomic Data Using Graph Databases. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Claudio Cacciari; Giuseppe Fiameni (PARCO, 2017)

I-media-cities, a searchable platform on moving images with automatic and manual annotations. - Simona Caraceni; Michele Carpenè; Mattia D'Antonio; Giuseppe Fiameni; Antonella Guidazzoli; Silvano Imboden; Maria Chiara Liguori; Margherita Montanari; Giuseppe Trotta; Gabriella Scipione; Davy Hanegreefs (VSMM, 2017)

MetaShot: an accurate workflow for taxon classification of host-associated microbiome from shotgun metagenomic data. - Bruno Fosso; Monica Santamaria; Mattia D'Antonio; Domenica Lovero; Giacomo Corrado; Enrico Vizza; N. Pássaro; Anna Rosa Garbuglia; M. R. Capobianchi; Marco Crescenzi; Gabriel Valiente; Graziano Pesole (Bioinform., 2017)

Development of a somatic variant registry in a National Cancer Center: towards Molecular Real World Data preparedness. - Martina Betti; Chiara Maria Salzano; Alice Massacci; Mattia D'Antonio; Isabella Grassucci; Benedetta Marcozzi; Marco Canfora; Elisa Melucci; Simonetta Buglioni; Beatrice Casini; Enzo Gallo; Edoardo Pescarmona; et al. (J. Biomed. Informatics, 2023)

A GDPR-compliant solution for analysis of large-scale genomics datasets on HPC cloud infrastructure. - Silvia Gioiosa; Beatrice Chiavarini; Mattia D'Antonio; Giuseppe Trotta; Balasubramanian Chandramouli; Juan Mata Naranjo; Giuseppa Muscianisi; Mirko Cestari; Elisa Rossi (J. Big Data, 2025)