Modeling metabolic networks in C. glutamicum: a comparison of rate laws in combination with various parameter optimization strategies. - Andreas Dräger; Marcel Kronfeld; Michael J. Ziller; Jochen Supper; Hannes Planatscher; Jørgen B. Magnus; Marco Oldiges; Oliver Kohlbacher; Andreas Zell (BMC Syst. Biol., 2009)

The systems biology simulation core algorithm. - Roland Keller; Alexander Dörr; Akito Tabira; Akira Funahashi; Michael J. Ziller; Richard R. Adams; Nicolas Rodriguez 001; Nicolas Le Novère; Noriko Hiroi; Hannes Planatscher; Andreas Zell; Andreas Dräger (BMC Syst. Biol., 2013)

Dissecting cellular states and cell state transitions through integrative analysis of epigenetic dynamics. - Michael J. Ziller (2014)

Verständnis von zellulären Zuständen und Zellzustandsübergängen durch integrative Analyse epigenetischer Veränderungen. - Michael J. Ziller (Ausgezeichnete Informatikdissertationen, 2014)

Integrative analysis of 111 reference human epigenomes Open. - Roadmap Epigenomics Consortium; Anshul Kundaje; Wouter Meuleman; Jason Ernst; Misha Bilenky; Angela Yen; Alireza Heravi Moussavi; Pouya Kheradpour; ZhiZhuo Zhang; Jianrong Wang; Michael J. Ziller; Viren Amin; et al. (Nat., 2015)