mirEX: a platform for comparative exploration of plant pri-miRNA expression data. - Dawid Bielewicz; Jakub Dolata; Andrzej Zielezinski; Sylwia Alaba; Bogna Szarzynska; Michal Wojciech Szczesniak; Artur Jarmolowski; Zofia Szweykowska-Kulinska; Wojciech M. Karlowski (Nucleic Acids Res., 2012)

miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. - Michal Wojciech Szczesniak; Sebastian Deorowicz; Jakub Gapski; Lukasz Kaczynski; Izabela Makalowska (Nucleic Acids Res., 2012)

HuntMi: an efficient and taxon-specific approach in pre-miRNA identification. - Adam Gudys; Michal Wojciech Szczesniak; Marek Sikora; Izabela Makalowska (BMC Bioinform., 2013)

miRNEST 2.0: a database of plant and animal microRNAs. - Michal Wojciech Szczesniak; Izabela Makalowska (Nucleic Acids Res., 2014)

KTCNlncDB - a first platform to investigate lncRNAs expressed in human keratoconus and non-keratoconus corneas. - Michal Wojciech Szczesniak; Michal Kabza; Justyna A. Karolak; Malgorzata Rydzanicz; Dorota M. Nowak; Barbara Ginter-Matuszewska; Piotr Polakowski; Rafal Ploski; Jacek P. Szaflik; Marzena Gajecka (Database J. Biol. Databases Curation, 2017)

SyntDB: defining orthologues of human long noncoding RNAs across primates. - Oleksii Bryzghalov; Michal Wojciech Szczesniak; Izabela Makalowska (Nucleic Acids Res., 2020)

lncEvo: automated identification and conservation study of long noncoding RNAs. - Oleksii Bryzghalov; Izabela Makalowska; Michal Wojciech Szczesniak (BMC Bioinform., 2021)