A Novel Bayesian DNA Motif Comparison Method for Clustering and Retrieval. - Naomi Habib; Tommy Kaplan; Hanah Margalit; Nir Friedman (PLoS Comput. Biol., 2008)

An integrative clustering and modeling algorithm for dynamical gene expression data. - Julia Sivriver; Naomi Habib; Nir Friedman (Bioinform., 2011)

Computational comparative study of transcription regulation in eukaryotes (עם תקציר בעברית ושער נוסף: מחקר חישובי השוואתי של בקרת שעתוק באאוקריוטים.). - Naomi Habib (2012)