PFstats: A Network-Based Open Tool for Protein Family Analysis. - Néli J. Fonseca-Júnior; Marcelo Q. L. Afonso; Lucas Carrijo de Oliveira; Lucas Bleicher (J. Comput. Biol., 2018)

A new method bridging graph theory and residue co-evolutionary networks for specificity determinant positions detection. - Néli José da Fonseca Jr.; Marcelo Querino Lima Afonso; Lucas Carrijo de Oliveira; Lucas Bleicher (Bioinform., 2019)

Coevolved Positions Represent Key Functional Properties in the Trypsin-Like Serine Proteases Protein Family. - Marcelo Querino Lima Afonso; Néli José da Fonseca Jr.; Lucas Carrijo de Oliveira; Francisco Pereira Lobo; Lucas Bleicher (J. Chem. Inf. Model., 2020)

Modelagem e decomposição de redes de cCoevolução de aminoácidos: aplicações em determinação de especificidade e anotação de proteínas - Néli José da Fonseca Jr. (2020)

CEvADA: Co-Evolution Analysis Data Archive. - Néli J. Fonseca-Júnior; Marcelo Querino Lima Afonso; Lucas Bleicher (BSB, 2021)

CONAN: a web application to detect specificity determinants and functional sites by amino acids co-variation network analysis. - Néli J. Fonseca-Júnior; Marcelo Q. L. Afonso; Lucas Carrijo de Oliveira; Lucas Bleicher (Bioinform., 2021)

Naview: A d3.js Based JavaScript Library for Drawing and Annotating Voltage-Gated Sodium Channels Membrane Diagrams. - Marcelo Querino Lima Afonso; Néli José da Fonseca Jr.; Thainá Godinho Miranda; Lucas Bleicher (Frontiers Bioinform., 2022)

Editorial: Bioinformatics in the age of data science: algorithms, methods, and tools applied from Omics to structural data. - Diego C. B. Mariano; Néli José da Fonseca Jr.; Lucianna Helene Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)