RAP: a new computer program for de novo identification of repeated sequences in whole genomes. - Davide Campagna; Chiara Romualdi; Nicola Vitulo; Micky Del Favero; Matej Lexa; Nicola Cannata; Giorgio Valle (Bioinform., 2005)

MIDAW: a web tool for statistical analysis of microarray data. - Chiara Romualdi; Nicola Vitulo; Micky Del Favero; Gerolamo Lanfranchi (Nucleic Acids Res., 2005)

A global gene evolution analysis on Vibrionaceae family using phylogenetic profile. - Nicola Vitulo; Alessandro Vezzi; Chiara Romualdi; Stefano Campanaro; Giorgio Valle (BMC Bioinform., 2007)

PASS: a program to align short sequences. - Davide Campagna; Alessandro Albiero; Alessandra Bilardi; Elisa Caniato; Claudio Forcato; Svetlin Manavski; Nicola Vitulo; Giorgio Valle (Bioinform., 2009)

PASS-bis: a bisulfite aligner suitable for whole methylome analysis of Illumina and SOLiD reads. - Davide Campagna; Andrea Telatin; Claudio Forcato; Nicola Vitulo; Giorgio Valle (Bioinform., 2013)

QueryOR: a comprehensive web platform for genetic variant analysis and prioritization. - Loris Bertoldi; Claudio Forcato; Nicola Vitulo; Giovanni Birolo; Fabio De Pascale; Erika Feltrin; Riccardo Schiavon; Franca Anglani; Susanna Negrisolo; Alessandra Zanetti; Francesca D'Avanzo; Rosella Tomanin; et al. (BMC Bioinform., 2017)

benchdamic: benchmarking of differential abundance methods for microbiome data. - Matteo Calgaro; Chiara Romualdi; Davide Risso; Nicola Vitulo (Bioinform., 2023)