ParPEST: a pipeline for EST data analysis based on parallel computing. - Nunzio D'Agostino; Mario Aversano; Maria Luisa Chiusano (BMC Bioinform., 2005)

Systematic analysis of human kinase genes: a large number of genes and alternative splicing events result in functional and structural diversity. - Luciano Milanesi; Mauro Petrillo; Leandra Sepe; Angelo Boccia; Nunzio D'Agostino; Myriam Passamano; Salvatore Di Nardo; Gianluca Tasco; Rita Casadio; Giovanni Paolella (BMC Bioinform., 2005)

Gene models from ESTs (GeneModelEST): an application on the Solanum lycopersicum genome. - Nunzio D'Agostino; Alessandra Traini; Luigi Frusciante; Maria Luisa Chiusano (BMC Bioinform., 2007)

TomatEST database: in silico exploitation of EST data to explore expression patterns in tomato species. - Nunzio D'Agostino; Mario Aversano; Luigi Frusciante; Maria Luisa Chiusano (Nucleic Acids Res., 2007)

ISOL@: an Italian SOLAnaceae genomics resource. - Maria Luisa Chiusano; Nunzio D'Agostino; Alessandra Traini; Concetta Licciardello; Enrico Raimondo; Mario Aversano; Luigi Frusciante; Luigi Monti (BMC Bioinform., 2008)

Strategies and difficulties in assembling highly recombinogenic plant organelle genomes: a case study. - Concita Cantarella; Rachele Tamburino; Nunzia Scotti; Teodoro Cardi; Nunzio D'Agostino (PeerJ Prepr., 2015)

De Novo Transcriptome Assembly of Cucurbita Pepo L. Leaf Tissue Infested by Aphis Gossypii. - Alessia Vitiello; Rosa Rao; Giandomenico Corrado; Pasquale Chiaiese; Maria Cristina Digilio; Riccardo Aiese Cigliano; Nunzio D'Agostino (Data, 2018)