GenoMiner: a tool for genome-wide search of coding and non-coding conserved sequence tags. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Giorgio Grillo; Sabino Liuni; Flavio Mignone; Ivano Giuseppe Talamo; Graziano Pesole (Bioinform., 2006)

The PMDB Protein Model Database. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Domenico Cozzetto; Ivano Giuseppe Talamo; Anna Tramontano (Nucleic Acids Res., 2006)

ASPIC: a web resource for alternative splicing prediction and transcript isoforms characterization. - Tiziana Castrignanò; Raffaella Rizzi; Ivano Giuseppe Talamo; Paolo D'Onorio De Meo; Anna Anselmo; Paola Bonizzoni; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2006)

The MEPS server for identifying protein conformational epitopes. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Massimiliano Orsini; Matteo Floris; Anna Tramontano (BMC Bioinform., 2007)

A high performance grid-web service framework for the identification of 'conserved sequence tags'. - Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Nico Sanna; Tiziana Castrignanò; Giorgio Grillo; Flavio Licciulli; Sabino Liuni; Matteo Re; Flavio Mignone; Graziano Pesole (Future Gener. Comput. Syst., 2007)

HT-RLS: High-Throughput Web Tool for Analysis of DNA Microarray Data Using RLS classifiers. - Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Mattia D'Antonio; Annarita D'Addabbo; Sabino Liuni; Flavio Mignone; Graziano Pesole; Nicola Ancona (CCGRID, 2008)

Radiation Genes: a database devoted to microarrays screenings revealing transcriptome alterations induced by ionizing radiation in mammalian cells. - Francesco Chiani; Camilla Iannone; Rodolfo Negri; Daniele Paoletti; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò (Database J. Biol. Databases Curation, 2009)

Bioinformatics approaches for genomics and post genomics applications of next-generation sequencing. - David Stephen Horner; Giulio Pavesi; Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Sabino Liuni; Michael Sammeth; Ernesto Picardi; Graziano Pesole (Briefings Bioinform., 2010)

ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing. - Pier Luigi Martelli; Mattia D'Antonio; Paola Bonizzoni; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Paolo D'Onorio De Meo; Piero Fariselli; Michele Finelli; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; et al. (Nucleic Acids Res., 2011)

MitoZoa 2.0: a database resource and search tools for comparative and evolutionary analyses of mitochondrial genomes in Metazoa. - Paolo D'Onorio De Meo; Mattia D'Antonio; Francesca Griggio; Renato Lupi; Massimiliano Borsani; Giulio Pavesi; Tiziana Castrignanò; Graziano Pesole; Carmela Gissi (Nucleic Acids Res., 2012)

WEP: a high-performance analysis pipeline for whole-exome data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Berardino Elmi; Matteo Pallocca; Nico Sanna; Ernesto Picardi; Graziano Pesole; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2013)

SpliceAid-F: a database of human splicing factors and their RNA-binding sites. - Matteo Giulietti; Francesco Piva; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Ernesto Picardi; Federico Zambelli; Giovanni Principato; Giulio Pavesi; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2013)

ODESSA: A high performance analysis pipeline for Ultra Deep targeted Exome Sequencing data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò; Giovanni Erbacci; Matteo Pallocca; Graziano Pesole (HPCS, 2014)

Characterization of Genomic Data Using Graph Databases. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Claudio Cacciari; Giuseppe Fiameni (PARCO, 2017)