A Method to Detect Gene Structure and Alternative Splice Sites by Agreeing ESTs to a Genomic Sequence. - Paola Bonizzoni; Graziano Pesole; Raffaella Rizzi (WABI, 2003)

ASPIC: a novel method to predict the exon-intron structure of a gene that is optimally compatible to a set of transcript sequences. - Paola Bonizzoni; Raffaella Rizzi; Graziano Pesole (BMC Bioinform., 2005)

ASPIC: a web resource for alternative splicing prediction and transcript isoforms characterization. - Tiziana Castrignanò; Raffaella Rizzi; Ivano Giuseppe Talamo; Paolo D'Onorio De Meo; Anna Anselmo; Paola Bonizzoni; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2006)

Exemplar Longest Common Subsequence. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Riccardo Dondi; Guillaume Fertin; Raffaella Rizzi; Stéphane Vialette (IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2007)

ASPicDB: A database resource for alternative splicing analysis. - Tiziana Castrignanò; Mattia D'Antonio; Anna Anselmo; Danilo Carrabino; A. D'Onorio De Meo; Anna Maria D'Erchia; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; Ernesto Picardi; Alberto Riva; et al. (Bioinform., 2008)

Minimum Factorization Agreement of Spliced ESTs. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Riccardo Dondi; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi (WABI, 2009)

Detecting Alternative Gene Structures from Spliced ESTs: A Computational Approach. - Paola Bonizzoni; Giancarlo Mauri; Graziano Pesole; Ernesto Picardi; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2009)

PIntron: A fast method for gene structure prediction via maximal pairings of a pattern and a text. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi (ICCABS, 2011)

Predicting Variants of Alternative Splicing from NGS data without the Genome - Stefano Beretta 001; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Raffaella Rizzi (CoRR, 2011)

ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing. - Pier Luigi Martelli; Mattia D'Antonio; Paola Bonizzoni; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Paolo D'Onorio De Meo; Piero Fariselli; Michele Finelli; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; et al. (Nucleic Acids Res., 2011)

Reconstructing isoform graphs from RNA-Seq data. - Stefano Beretta 001; Paola Bonizzoni; Raffaella Rizzi; Gianluca Della Vedova (BIBM, 2012)

PIntron: a fast method for detecting the gene structure due to alternative splicing via maximal pairings of a pattern and a text. - Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Ernesto Picardi; Graziano Pesole; Gianluca Della Vedova; Paola Bonizzoni (BMC Bioinform., 2012)

Constructing String Graphs in External Memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (WABI, 2014)

Modeling Alternative Splicing Variants from RNA-Seq Data with Isoform Graphs. - Stefano Beretta 001; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2014)

FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly of Reads Data. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (ISBRA, 2016)

A New Lightweight Algorithm to compute the BWT and the LCP array of a Set of Strings. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Serena Nicosia; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CoRR, 2016)

LSG: An External-Memory Tool to Compute String Graphs for Next-Generation Sequencing Data Assembly. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2016)

Mapping RNA-seq Data to a Transcript Graph via Approximate Pattern Matching to a Hypertext. - Stefano Beretta 001; Paola Bonizzoni; Luca Denti; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (AlCoB, 2017)

Character-Based Phylogeny Construction and Its Application to Tumor Evolution. - Gianluca Della Vedova; Murray Patterson; Raffaella Rizzi; Mauricio Soto Gomez (CiE, 2017)

An External-Memory Algorithm for String Graph Construction. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (Algorithmica, 2017)

Computing the BWT and LCP array of a Set of Strings in External Memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CoRR, 2017)

Species-Driven Persistent Phylogeny. - Paola Bonizzoni; Anna Paola Carrieri; Gianluca Della Vedova; Raffaella Rizzi; Gabriella Trucco (Fundam. Informaticae, 2017)

FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2017)

A colored graph approach to perfect phylogeny with persistent characters. - Paola Bonizzoni; Anna Paola Carrieri; Gianluca Della Vedova; Raffaella Rizzi; Gabriella Trucco (Theor. Comput. Sci., 2017)

Divide and Conquer Computation of the Multi-string BWT and LCP Array. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Serena Nicosia; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (CiE, 2018)

ASGAL: aligning RNA-Seq data to a splicing graph to detect novel alternative splicing events. - Luca Denti; Raffaella Rizzi; Stefano Beretta 001; Gianluca Della Vedova; Marco Previtali; Paola Bonizzoni (BMC Bioinform., 2018)

Multithread Multistring Burrows-Wheeler Transform and Longest Common Prefix Array. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (J. Comput. Biol., 2019)

Overlap graphs and de Bruijn graphs: data structures for de novo genome assembly in the big data era. - Raffaella Rizzi; Stefano Beretta 001; Murray Patterson; Yuri Pirola; Marco Previtali; Gianluca Della Vedova; Paola Bonizzoni (Quant. Biol., 2019)

Can We Replace Reads by Numeric Signatures? Lyndon Fingerprints as Representations of Sequencing Reads for Machine Learning. - Paola Bonizzoni; Clelia De Felice; Alessia Petescia; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Jens Stoye; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (AlCoB, 2021)

Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample. - Luca Denti; Yuri Pirola; Marco Previtali; Tamara Ceccato; Gianluca Della Vedova; Raffaella Rizzi; Paola Bonizzoni (Bioinform., 2021)

Computing the multi-string BWT and LCP array in external memory. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi (Theor. Comput. Sci., 2021)

Can Formal Languages Help Pangenomics to Represent and Analyze Multiple Genomes? - Paola Bonizzoni; Clelia De Felice; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (DLT, 2022)

KFinger: Capturing Overlaps Between Long Reads by Using Lyndon Fingerprints. - Paola Bonizzoni; Alessia Petescia; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (IWBBIO (2), 2022)

Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approaches. - Paola Bonizzoni; Matteo Costantini; Clelia de Felice; Alessia Petescia; Yuri Pirola; Marco Previtali; Raffaella Rizzi; Jens Stoye; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (Inf. Sci., 2022)

Computational graph pangenomics: a tutorial on data structures and their applications. - Jasmijn A. Baaijens; Paola Bonizzoni; Christina Boucher 001; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Jouni Sirén (Nat. Comput., 2022)

Identification of Chimeric RNAs: A Novel Machine Learning Perspective. - Paola Bonizzoni; Clelia De Felice; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Rocco Zaccagnino; Rosalba Zizza (ICCABS, 2023)

Multiallelic Maximal Perfect Haplotype Blocks with Wildcards via PBWT. - Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Mattia Sgrò (IWBBIO (1), 2023)

Differential analysis of alternative splicing events in gene regions using residual neural networks. - Simone Ciccolella; Luca Denti; Jorge Avila Cartes; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Raffaella Rizzi; Paola Bonizzoni (Neural Comput. Appl., 2025)