Using Structural Signatures for Identifying Globins: the Intra-Subunit Electrostatic Interactions. - Tiago Adriano de Knegt López de Prado; Wagner Meira Jr.; Marcelo M. Santoro; Márcio de Carvalho; Rodrigo L. Carceroni; Carlos H. Silveira; Raquel C. de Melo; Fabiano A. Fonseca (WOB, 2003)

An Image-Matching Approach to Protein Similarity Analysis. - Fernando A. Fernandes Jr.; Rodrigo L. Carceroni; Carlos Eduardo R. Lopes; Wagner Meira Jr.; Raquel C. de Melo; Arnaldo de Albuquerque Araújo; Marcelo M. Santoro; Carlos H. Silveira (SIBGRAPI, 2004)

Dynamic Content Placement for Mobile Content Distribution Networks. - Wagner Moro Aioffi; Geraldo Robson Mateus; Jussara M. Almeida; Raquel C. de Melo (WCW, 2004)

Identification of subfamily-specific sites based on active sites modeling and clustering. - Raquel Cardoso de Melo Minardi; Karine Bastard; François Artiguenave (Bioinform., 2010)

GreenWiki: a tool to support users' assessment of the quality of Wikipedia articles. - Daniel Hasan Dalip; Raquel Lara dos Santos; Diogo Rennó Rocha de Oliveira; Valéria Freitas Amaral; Marcos André Gonçalves; Raquel Oliveira Prates; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Jussara Marques de Almeida (JCDL, 2011)

FPCluster: Uma estratégia eficiente de agrupamento out-of-core sem medida de similaridade. - Douglas E. V. Pires; Luam C. Totti; Rubens E. A. Moreira; Elverton C. Fazzion; Osvaldo L. H. M. Fonseca; Wagner Meira Jr.; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Dorgival O. Guedes (SBBD (Short Papers), 2011)

Data Integration via Constrained Clustering: An Application to Enzyme Clustering. - Elisa Boari de Lima; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Wagner Meira Jr.; Mohammed Javeed Zaki (SDM, 2011)

ADVISe: Visualizing the dynamics of enzyme annotations in UniProt/Swiss-Prot. - Sabrina de Azevedo Silveira; Artur O. Rodrigues; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Carlos Henrique da Silveira; Wagner Meira Jr. (BioVis, 2012)

Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring. - Yussif Barcelos; Flavia Aburjaile; Laura R. Leite; Solange T. Oliveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IEEE VAST, 2012)

HydroPaCe: understanding and predicting cross-inhibition in serine proteases through hydrophobic patch centroids. - Valdete M. Gonçalves-Almeida; Douglas E. V. Pires; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Carlos Henrique da Silveira; Wagner Meira Jr.; Marcelo M. Santoro (Bioinform., 2012)

FPCluster: An Efficient Out-of-core Clustering Strategy without a Similarity Metric. - Douglas E. V. Pires; Luam C. Totti; Rubens E. A. Moreira; Elverton C. Fazzion; Osvaldo L. H. M. Fonseca; Wagner Meira Jr.; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Dorgival Olavo Guedes Neto (J. Inf. Data Manag., 2012)

uTrack: track yourself! monitoring information on online social media. - Tiago Rodrigues; Prateek Dewan; Ponnurangam Kumaraguru; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Virgílio A. F. Almeida (WWW (Companion Volume), 2013)

aCSM: noise-free graph-based signatures to large-scale receptor-based ligand prediction. - Douglas E. V. Pires; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Carlos Henrique da Silveira; Frederico F. Campos; Wagner Meira Jr. (Bioinform., 2013)

Uma investigação sobre as técnicas de visualização de informação quantitativas e qualitativas. - Diego Barros; Raquel Oliveira Prates; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IHC, 2014)

PDBest: a user-friendly platform for manipulating and enhancing protein structures. - Wellisson R. S. Gonçalves; Valdete M. Gonçalves-Almeida; Aleksander L. Arruda; Wagner Meira Jr.; Carlos Henrique da Silveira; Douglas E. V. Pires; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Bioinform., 2015)

GASS: identifying enzyme active sites with genetic algorithms. - Sandro C. Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Gisele L. Pappa (Bioinform., 2015)

GReMLIN: A Graph Mining Strategy to Infer Protein-Ligand Interaction Patterns. - Charles Abreu Santana; Fabio Ribeiro Cerqueira; Carlos Henrique da Silveira; Alexandre V. Fassio; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (BIBE, 2016)

Emotional Fingerprint from Authors in Classical Literature. - Matheus Lima Diniz Araújo; Iuro B. P. Nascimento; Gustavo Caetano Rafael; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Fabrício Benevenuto (WebMedia, 2016)

Isofunctional Protein Subfamily Detection Using Data Integration and Spectral Clustering. - Elisa Boari de Lima; Wagner Meira Jr.; Raquel Cardoso de Melo Minardi (PLoS Comput. Biol., 2016)

CALI: A Novel Visual Model for Frequent Pattern Mining in Protein-Ligand Graphs. - Susana Medina G.; Alexandre Victor Fassio; Sabrina de Azevedo Silveira; Carlos Henrique da Silveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BIBE, 2017)

Experimental Evaluation of Crowdsourcing on the Characterization of Data Visualization Techniques. - Geraldo Ribeiro Franciscani; Rodrygo L. T. Santos; Michel Boaventura; Pedro Dalla Bernardina; Wagner Meira Jr.; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BRACIS, 2017)

Portinari: A Data Exploration Tool to Personalize Cervical Cancer Screening. - Sagar Sen; Manoel Horta Ribeiro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Wagner Meira Jr.; Mari Nygård (ICSE-SEIS, 2017)

Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis. - Alexandre V. Fassio; Pedro M. Martins 001; Samuel da S. Guimarães; Sócrates S. A. Junior; Vagner S. Ribeiro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (BMC Bioinform., 2017)

An Interactive Strategy to Visualize Common Subgraphs in Protein-Ligand Interaction. - Alexandre V. Fassio; Charles Abreu Santana; Fabio Ribeiro Cerqueira; Carlos Henrique da Silveira; João P. R. Romanelli; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (IWBBIO (1), 2018)

How to compute protein residue contacts more accurately? - Pedro M. Martins 001; Vinícius D. Mayrink; Sabrina de Azevedo Silveira; Carlos Henrique da Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Raquel Cardoso de Melo Minardi (SAC, 2018)

Protein Structural Signatures Revisited: Geometric Linearity of Main Chains are More Relevant to Classification Performance than Packing of Residues. - João Arthur F. Gadelha Campelo; Cleiton Rodrigues Monteiro; Carlos Henrique da Silveira; Sabrina de Azevedo Silveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IWBBIO (1), 2019)

Proteingo: Motivation, user experience, and learning of molecular interactions in biological complexes. - Marcos Felipe Martins Silva; Pedro M. Martins 001; Diego C. B. Mariano; Lucianna Helene Santos; Isabela Pastorini; Naiara Pantuza; Cristiane Neri Nobre; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Entertain. Comput., 2019)

A Brief History of Bioinformatics Told by Data Visualization. - Diego C. B. Mariano; Mívian M. Ferreira; Bruno Luan de Sousa; Lucianna Helene Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2020)

GRaSP: a graph-based residue neighborhood strategy to predict binding sites. - Charles Abreu Santana; Sabrina de Azevedo Silveira; João P. A. Moraes; Sandro C. Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; António J. M. Ribeiro; Jonathan D. Tyzack; Neera Borkakoti; Janet M. Thornton (Bioinform., 2020)

Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures. - José Renato M. S. Barroso; Diego C. B. Mariano; Sandro R. Dias; Rafael E. O. Rocha; Lucianna Helene Santos; Ronaldo Alves Pinto Nagem; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BMC Bioinform., 2020)

nAPOLI: A Graph-Based Strategy to Detect and Visualize Conserved Protein-Ligand Interactions in Large-Scale. - Alexandre V. Fassio; Lucianna Helene Santos; Sabrina de Azevedo Silveira; Rafaela Salgado Ferreira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2020)

Propedia: a database for protein-peptide identification based on a hybrid clustering algorithm. - Pedro M. Martins 001; Lucianna Helene Santos; Diego C. B. Mariano; Felippe C. Queiroz; Luana L. Bastos; Isabela de Souza Gomes; Pedro H. C. Fischer; Rafael E. O. Rocha; Sabrina de Azevedo Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Mariana T. Q. de Magalhães; Maria G. A. Oliveira; et al. (BMC Bioinform., 2021)

VTR: A Web Tool for Identifying Analogous Contacts on Protein Structures and Their Complexes. - Vitor Pimentel; Diego C. B. Mariano; Letícia Xavier Silva Cantão; Luana Luiza Bastos; Pedro H. C. Fischer; Leonardo Henrique Franca de Lima; Alexandre Victor Fassio; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2021)

From In-Person to the Online World: Insights Into Organizing Events in Bioinformatics. - Alessandra Lima da Silva; Ana Paula de Abreu; Diego C. B. Mariano; Felipe Caixeta; Fenícia Brito Santos; Fernanda Stussi D. Lage; Gabriel Quintanilha-Peixoto; Heron O. Hilário; Joicymara S. Xavier; Lucio R. Queiroz; Nayara Evelin de Toledo; Raphael Tavares; et al. (Frontiers Bioinform., 2021)

Computational Methodology for Discovery of Potential Inhibitory Peptides. - Vivian Morais Paixão; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2022)

Identifying Large Scale Conformational Changes in Proteins Through Distance Maps and Convolutional Networks. - Lucas Moraes dos Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2022)

Protein structural bioinformatics: An overview. - Vinícius de Almeida Paiva; Isabela de Souza Gomes; Cleiton Rodrigues Monteiro; Murillo Ventura Mendonça; Pedro Magalhães Martins; Charles Abreu Santana; Valdete M. Gonçalves-Almeida; Sandro Carvalho Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (Comput. Biol. Medicine, 2022)

Prioritizing Virtual Screening with Interpretable Interaction Fingerprints. - Alexandre V. Fassio; Laura Shub; Luca Ponzoni; Jessica McKinley; Matthew J. O'Meara; Rafaela Salgado Ferreira; Michael J. Keiser; Raquel Cardoso de Melo Minardi (J. Chem. Inf. Model., 2022)

GRaSP-web: a machine learning strategy to predict binding sites based on residue neighborhood graphs. - Charles Abreu Santana; Sandro C. Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Jonathan D. Tyzack; António J. M. Ribeiro; Douglas E. V. Pires; Janet M. Thornton; Sabrina de Azevedo Silveira (Nucleic Acids Res., 2022)

Using Natural Language Processing for Context Identification in COVID-19 Literature. - Frederico Chaves Carvalho; Diego C. B. Mariano; Marcos Bomfim; Giovana Fiorini; Luana L. Bastos; Ana Paula de Abreu; Vivian Paixão; Lucas Moraes dos Santos; Juliana Silva; Angie Puelles; Alessandra Lima da Silva; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Peptide-Protein Interface Classification Using Convolutional Neural Networks. - Lucas Moraes dos Santos; Diego C. B. Mariano; Luana Luiza Bastos; Alessandra Gomes Cioletti; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2023)

Editorial: Bioinformatics in the age of data science: algorithms, methods, and tools applied from Omics to structural data. - Diego C. B. Mariano; Néli José da Fonseca Jr.; Lucianna Helene Santos; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)

Propedia v2.3: A novel representation approach for the peptide-protein interaction database using graph-based structural signatures. - Pedro Martins; Diego C. B. Mariano; Frederico Chaves Carvalho; Luana Luiza Bastos; Lucas Moraes; Vivian Morais Paixão; Raquel Cardoso de Melo Minardi (Frontiers Bioinform., 2023)

Know-how of holding a Bioinformatics competition: Structure, model, overview, and perspectives. - Elvira C. A. Horácio; Lucas M. de Carvalho; Gustavo G. Pereira; Mayla C. Abrahim; Mônica P. Coelho; Deivid Almeida de Jesus; Glen J. Y. García; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sheila T. Nagamatsu (PLoS Comput. Biol., 2023)

ViPeC: Vision transformer-based approach for Peptide-protein interface Classification. - Lucas Moraes dos Santos; Diego C. B. Mariano; Raquel Cardoso de Melo Minardi (CIBCB, 2024)