The SSEA server for protein secondary structure alignment. - Paolo Fontana; Eckart Bindewald; Stefano Toppo; Riccardo Velasco; Giorgio Valle; Silvio C. E. Tosatto (Bioinform., 2005)

Argot2: a large scale function prediction tool relying on semantic similarity of weighted Gene Ontology terms. - Marco Falda; Stefano Toppo; Alessandro Pescarolo; Enrico Lavezzo; Barbara Di Camillo; Andrea Facchinetti; Elisa Cilia; Riccardo Velasco; Paolo Fontana (BMC Bioinform., 2012)

ASSIsT: an automatic SNP scoring tool for in- and outbreeding species. - Mario Di Guardo; Diego Micheletti; Luca Bianco; Herma J. J. Koehorst-van Putten; Sara Longhi; Fabrizio Costa; Maria José Aranzana; Riccardo Velasco; Pere Arús; Michela Troggio; Eric W. van de Weg (Bioinform., 2015)