A Guided Spatial Transformer Network for Histology Cell Differentiation. - Marc Aubreville; Maximilian Krappmann; Christof Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (VCBM, 2017)

SlideRunner - A Tool for Massive Cell Annotations in Whole Slide Images. - Marc Aubreville; Christof Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (Bildverarbeitung für die Medizin, 2018)

Classification of Mitotic Cells - Potentials Beyond the Limits of Small Data Sets. - Maximilian Krappmann; Marc Aubreville; Andreas K. Maier; Christof Bertram; Robert Klopfleisch (Bildverarbeitung für die Medizin, 2018)

Augmented Mitotic Cell Count Using Field of Interest Proposal. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (Bildverarbeitung für die Medizin, 2019)

Field of Interest Proposal for Augmented Mitotic Cell Count: Comparison of Two Convolutional Networks. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001 (BIOIMAGING, 2019)

Field of Interest Prediction for Computer-Aided Mitotic Count. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Christian Marzahl; Corinne Gurtner; Martina Dettwiler; Anja Schmidt; Florian Bartenschlager; Sophie Merz; Marco Fragoso; Olivia Kershaw; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001 (CoRR, 2019)

Deep Learning-Based Quantification of Pulmonary Hemosiderophages in Cytology Slides. - Christian Marzahl; Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Jason Stayt; Anne-Katherine Jasensky; Florian Bartenschlager; Marco Fragoso-Garcia; Ann K. Barton; Svenja Elsemann; Samir Jabari; Jens Krauth; Prathmesh Madhu; et al. (CoRR, 2019)

Learning New Tricks from Old Dogs - Inter-Species, Inter-Tissue Domain Adaptation for Mitotic Figure Assessment. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Samir Jabari; Christian Marzahl; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (CoRR, 2019)

Fooling the Crowd with Deep Learning-based Methods. - Christian Marzahl; Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Stefan Gerlach; Jennifer Maier; Jörn Voigt; Jenny Hill; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (CoRR, 2019)

Inter-Species, Inter-Tissue Domain Adaptation for Mitotic Figure Assessment. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Samir Jabari; Christian Marzahl; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (Bildverarbeitung für die Medizin, 2020)

Abstract: How Big is Big Enough? - Christof A. Bertram; Marc Aubreville; Christian Marzahl; Andreas K. Maier; Robert Klopfleisch (Bildverarbeitung für die Medizin, 2020)

Is Crowd-Algorithm Collaboration an Advanced Alternative to Crowd-Sourcing on Cytology Slides? - Christian Marzahl; Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Stefan Gerlach; Jennifer Maier; Jörn Voigt; Jenny Hill; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (Bildverarbeitung für die Medizin, 2020)

Are Pathologist-Defined Labels Reproducible? Comparison of the TUPAC16 Mitotic Figure Dataset with an Alternative Set of Labels. - Christof A. Bertram; Mitko Veta; Christian Marzahl; Nikolas Stathonikos; Andreas K. Maier; Robert Klopfleisch; Marc Aubreville (iMIMIC/MIL3ID/LABELS@MICCAI, 2020)

Are Fast Labeling Methods Reliable? A Case Study of Computer-Aided Expert Annotations on Microscopy Slides. - Christian Marzahl; Christof A. Bertram; Marc Aubreville; Anne Petrick; Kristina Weiler; Agnes C. Gläsel; Marco Fragoso; Sophie Merz; Florian Bartenschlager; Judith Hoppe; Alina Langenhagen; Anne-Katherine Jasensky; et al. (MICCAI (1), 2020)

EXACT: A collaboration toolset for algorithm-aided annotation of almost everything. - Christian Marzahl; Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Jennifer Maier; Christian Bergler; Christine Kröger; Jörn Voigt; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier (CoRR, 2020)

Dogs as Model for Human Breast Cancer: A Completely Annotated Whole Slide Image Dataset. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Taryn A. Donovan; Christian Marzahl; Andreas Maier 001; Robert Klopfleisch (CoRR, 2020)

How Many Annotators Do We Need? - A Study on the Influence of Inter-Observer Variability on the Reliability of Automatic Mitotic Figure Assessment. - Frauke Wilm; Christof A. Bertram; Christian Marzahl; Alexander Bartel; Taryn A. Donovan; Charles-Antoine Assenmacher; Kathrin Becker; Mark Bennett; Sarah Corner; Brieuc Cossic; Daniela Denk; Martina Dettwiler; et al. (CoRR, 2020)

Abstract: A Completely Annotated Whole Slide Image Dataset of Canine Breast Cancer to Aid Human Breast Cancer Research. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Taryn A. Donovan; Christian Marzahl; Andreas Maier 001; Robert Klopfleisch (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Abstract: Deep Learning Algorithms Out-perform Veterinary Pathologists in Detecting the Mitotically Most Active Tumor Region. - Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Christian Marzahl; Corinne Gurtner; Martina Dettwiler; Anja Schmidt; Florian Bartenschlager; Sophie Merz; Marco Fragoso; Olivia Kershaw; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001 (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Dataset on Bi- and Multi-nucleated Tumor Cells in Canine Cutaneous Mast Cell Tumors. - Christof A. Bertram; Taryn A. Donovan; Marco Tecilla; Florian Bartenschlager; Marco Fragoso; Frauke Wilm; Christian Marzahl; Katharina Breininger; Andreas Maier 001; Robert Klopfleisch; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Abstract: Deep Learning-based Quantification of Pulmonary Hemosiderophages in Cytology Slides. - Christian Marzahl; Marc Aubreville; Christof A. Bertram; Jason Stayt; Anne-Katherine Jasensky; Florian Bartenschlager; Marco Fragoso; Ann K. Barton; Svenja Elsemann; Samir Jabari; Jens Krauth; Prathmesh Madhu; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Abstract: Are Fast Labeling Methods Reliable? - A Case Study of Computer-aided Expert Annotations on Microscopy Slides. - Christian Marzahl; Christof A. Bertram; Marc Aubreville; Anne Petrick; Kristina Weiler; Agnes C. Gläsel; Marco Fragoso; Sophie Merz; Florian Bartenschlager; Judith Hoppe; Alina Langenhagen; Anne-Katherine Jasensky; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Cell Detection for Asthma on Partially Annotated Whole Slide Images - Learning to be EXACT. - Christian Marzahl; Christof A. Bertram; Frauke Wilm; Jörn Voigt; Ann K. Barton; Robert Klopfleisch; Katharina Breininger; Andreas Maier 001; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Influence of Inter-Annotator Variability on Automatic Mitotic Figure Assessment. - Frauke Wilm; Christof A. Bertram; Christian Marzahl; Alexander Bartel; Taryn A. Donovan; Charles-Antoine Assenmacher; Kathrin Becker; Mark Bennett; Sarah Corner; Brieuc Cossic; Daniela Denk; Martina Dettwiler; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2021)

Robust Quad-Tree based Registration on Whole Slide Images. - Christian Marzahl; Frauke Wilm; Franz F. Dressler; Lars Tharun; Sven Perner; Christof A. Bertram; Christine Kröger; Jörn Voigt; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier; Marc Aubreville; Katharina Breininger (COMPAY@MICCAI, 2021)

Iterative Cross-Scanner Registration for Whole Slide Images. - Luisa Theelke; Frauke Wilm; Christian Marzahl; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001; Marc Aubreville; Katharina Breininger (ICCVW, 2021)

Learning to be EXACT, Cell Detection for Asthma on Partially Annotated Whole Slide Images. - Christian Marzahl; Christof A. Bertram; Frauke Wilm; Jörn Voigt; Ann K. Barton; Robert Klopfleisch; Katharina Breininger; Andreas Maier 001; Marc Aubreville (CoRR, 2021)

Quantifying the Scanner-Induced Domain Gap in Mitosis Detection. - Marc Aubreville; Christof Bertram; Mitko Veta; Robert Klopfleisch; Nikolas Stathonikos; Katharina Breininger; Natalie D. ter Hoeve; Francesco Ciompi; Andreas Maier 001 (CoRR, 2021)

Inter-Species Cell Detection: Datasets on pulmonary hemosiderophages in equine, human and feline specimens. - Christian Marzahl; Jenny Hill; Jason Stayt; Dorothee Bienzle; Lutz Welker; Frauke Wilm; Jörn Voigt; Marc Aubreville; Andreas K. Maier; Robert Klopfleisch; Katharina Breininger; Christof A. Bertram (CoRR, 2021)

First Steps on Gamification of Lung Fluid Cells Annotations in the Flower Domain. - Sonja Kunzmann; Christian Marzahl; Felix Denzinger; Christof Bertram; Robert Klopfleisch; Katharina Breininger; Vincent Christlein; Andreas K. Maier (Bildverarbeitung für die Medizin, 2022)

Pan-Tumor CAnine cuTaneous Cancer Histology (CATCH) Dataset. - Frauke Wilm; Marco Fragoso; Christian Marzahl; Jingna Qiu; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier; Katharina Breininger; Marc Aubreville (CoRR, 2022)

Mitosis domain generalization in histopathology images - The MIDOG challenge. - Marc Aubreville; Nikolas Stathonikos; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Natalie D. ter Hoeve; Francesco Ciompi; Frauke Wilm; Christian Marzahl; Taryn A. Donovan; Andreas K. Maier; Jack Breen; Nishant Ravikumar; et al. (CoRR, 2022)

Abstract: the MIDOG Challenge 2021 - Mitosis Domain Generalization in Histopathology Images. - Marc Aubreville; Nikolas Stathonikos; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Natalie D. ter Hoeve; Francesco Ciompi; Frauke Wilm; Christian Marzahl; Taryn A. Donovan; Andreas K. Maier; Mitko Veta; Katharina Breininger (Bildverarbeitung für die Medizin, 2023)

Deep Learning-based Automatic Assessment of AgNOR-scores in Histopathology Images. - Jonathan Ganz; Karoline Lipnik; Jonas Ammeling; Barbara Richter; Chloé Puget; Eda Parlak; Laura Diehl; Robert Klopfleisch; Taryn A. Donovan; Matti Kiupel; Christof A. Bertram; Katharina Breininger; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2023)

Limits of Human Expert Ensembles in Mitosis Multi-expert Ground Truth Generation. - Ludwig Maximilian Lausser; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2023)

Multi-scanner Canine Cutaneous Squamous Cell Carcinoma Histopathology Dataset. - Frauke Wilm; Marco Fragoso; Christof A. Bertram; Nikolas Stathonikos; Mathias Öttl; Jingna Qiu; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier; Katharina Breininger; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2023)

Abstract: Pan-tumor CAnine CuTaneous Cancer Histology (CATCH) Dataset. - Frauke Wilm; Marco Fragoso; Christian Marzahl; Jingna Qiu; Chloé Puget; Laura Diehl; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Andreas K. Maier; Katharina Breininger; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2023)

Mind the Gap: Scanner-Induced Domain Shifts Pose Challenges for Representation Learning in Histopathology. - Frauke Wilm; Marco Fragoso; Christof A. Bertram; Nikolas Stathonikos; Mathias Öttl; Jingna Qiu; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001; Marc Aubreville; Katharina Breininger (ISBI, 2023)

Nuclear Morphometry using a Deep Learning-based Algorithm has Prognostic Relevance for Canine Cutaneous Mast Cell Tumors. - Andreas Haghofer; Eda Parlak; Alexander Bartel; Taryn A. Donovan; Charles-Antoine Assenmacher; Pompei Bolfa; Michael J. Dark; Andrea Fuchs-Baumgartinger; Andrea Klang; Kathrin Jäger; Robert Klopfleisch; Sophie Merz; et al. (CoRR, 2023)

Mitosis domain generalization in histopathology images - The MIDOG challenge. - Marc Aubreville; Nikolas Stathonikos; Christof A. Bertram; Robert Klopfleisch; Natalie D. ter Hoeve; Francesco Ciompi; Frauke Wilm; Christian Marzahl; Taryn A. Donovan; Andreas K. Maier; Jack Breen; Nishant Ravikumar; et al. (Medical Image Anal., 2023)

Multi-Scanner Canine Cutaneous Squamous Cell Carcinoma Histopathology Dataset. - Frauke Wilm; Marco Fragoso; Christof A. Bertram; Nikolas Stathonikos; Robert Klopfleisch; Andreas Maier 001; Katharina Breininger; Marc Aubreville (Zenodo, 2023)

Pan-Tumor T-Lymphocyte Detection Dataset. - Frauke Wilm; Christian Ihling; Gabor Mehes; Luigi Terracciano; Chloé Puget; Robert Klopfleisch; Peter J. Schüffler; Marc Aubreville; Andreas Maier 001; Thomas Mrowiec; Katharina Breininger (Zenodo, 2023)

Automated Mitotic Index Calculation via Deep Learning and Immunohistochemistry. - Jonas Ammeling; Moritz Hecker; Jonathan Ganz; Taryn A. Donovan; Robert Klopfleisch; Christof A. Bertram; Katharina Breininger; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2024)

Abstract: Comprehensive Multi-domain Dataset for Mitotic Figure Detection. - Marc Aubreville; Frauke Wilm; Nikolas Stathonikos; Katharina Breininger; Taryn A. Donovan; Samir Jabari; Robert Klopfleisch; Mitko Veta; Jonathan Ganz; Jonas Ammeling; Paul J. van Diest; Christof A. Bertram (Bildverarbeitung für die Medizin, 2024)

Abstract: Cytologic Scoring of Equine Exercise-induced Pulmonary Hemorrhage - Performance of Human Experts and a Deep Learning. - Christof A. Bertram; Christian Marzahl; Alexander Bartel; Jason Stayt; Federico Bonsembiante; Janet Beeler-Marfisi; Ann K. Barton; Ginevra Brocca; Maria E. Gelain; Agnes C. Gläsel; Kelly du Preez; Kristina Weiler; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2024)

Assessment of Scanner Domain Shifts in Deep Multiple Instance Learning. - Jonathan Ganz; Chloé Puget; Jonas Ammeling; Eda Parlak; Matti Kiupel; Christof A. Bertram; Katharina Breininger; Robert Klopfleisch; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2024)

Deep Learning model predicts the c-Kit-11 mutational status of canine cutaneous mast cell tumors by HE stained histological slides. - Chloé Puget; Jonathan Ganz; Julian Ostermaier; Thomas Konrad; Eda Parlak; Christof Albert Bertram; Matti Kiupel; Katharina Breininger; Marc Aubreville; Robert Klopfleisch (CoRR, 2024)

On the Value of PHH3 for Mitotic Figure Detection on H&E-stained Images. - Jonathan Ganz; Christian Marzahl; Jonas Ammeling; Barbara Richter; Chloé Puget; Daniela Denk; Elena A. Demeter; Flaviu A. Tabaran; Gabriel Wasinger; Karoline Lipnik; Marco Tecilla; Matthew J. Valentine; et al. (CoRR, 2024)

Domain generalization across tumor types, laboratories, and species - Insights from the 2022 edition of the Mitosis Domain Generalization Challenge. - Marc Aubreville; Nikolas Stathonikos; Taryn A. Donovan; Robert Klopfleisch; Jonas Ammeling; Jonathan Ganz; Frauke Wilm; Mitko Veta; Samir Jabari; Markus Eckstein; Jonas Annuscheit; Christian Krumnow; et al. (Medical Image Anal., 2024)

Comprehensive Dataset of Coarse Tumor Annotations for The Cancer Genome Atlas Breast Invasive Carcinoma. - Sweta Banerjee; Christof A. Bertram; Jonas Ammeling; Viktoria Weiss; Thomas Conrad; Robert Klopfleisch; Christopher C. Kaltenecker; Katharina Breininger; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2025)

Histologic Dataset of Normal and Atypical Mitotic Figures on Human Breast Cancer (AMi-Br). - Christof A. Bertram; Viktoria Weiss; Taryn A. Donovan; Sweta Banerjee; Thomas Conrad; Jonas Ammeling; Robert Klopfleisch; Christopher C. Kaltenecker; Marc Aubreville (Bildverarbeitung für die Medizin, 2025)

Abstract: Nuclear Pleomorphism in Canine Cutaneous Mast Cell Tumors. - Andreas Haghofer; Eda Parlak; Alexander Bartel; Taryn A. Donovan; Charles-Antoine Assenmacher; Pompei Bolfa; Michael J. Dark; Andrea Fuchs-Baumgartinger; Andrea Klang; Kathrin Jäger; Robert Klopfleisch; Sophie Merz; et al. (Bildverarbeitung für die Medizin, 2025)

Benchmarking Deep Learning and Vision Foundation Models for Atypical vs. Normal Mitosis Classification with Cross-Dataset Evaluation. - Sweta Banerjee; Viktoria Weiss; Taryn A. Donovan; Rutger A. Fick; Thomas Conrad; Jonas Ammeling; Nils Porsche; Robert Klopfleisch; Christopher C. Kaltenecker; Katharina Breininger; Marc Aubreville; Christof A. Bertram (CoRR, 2025)