Looking for the Lost Follis. - Giovanni Gallo; Salvatore Garraffo; Rosalba Giugno; Angelo Nicolosi (Eurographics (Short Presentations), 1999)

Error-Tolerant Database for Structured Images. - Alfredo Ferro; Giovanni Gallo; Rosalba Giugno (VISUAL, 1999)

Approximate search in image database. - Alfredo Ferro; Giovanni Gallo; Rosalba Giugno (Storage and Retrieval for Media Databases, 2000)

Best-Match Retrieval for Structured Images. - Alfredo Ferro; Giovanni Gallo; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell., 2001)

GraphGrep: A Fast and Universal Method for Querying Graphs. - Rosalba Giugno; Dennis E. Shasha (ICPR (2), 2002)

P-SHOQ(D): A Probabilistic Extension of SHOQ(D) for Probabilistic Ontologies in the Semantic Web. - Rosalba Giugno; Thomas Lukasiewicz (JELIA, 2002)

Algorithmics and Applications of Tree and Graph Searching. - Dennis E. Shasha; Jason Tsong-Li Wang; Rosalba Giugno (PODS, 2002)

Efficient Boundary Values Generation in General Metric Spaces for Software Component Testing. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (Verification: Theory and Practice, 2003)

Temporal Probabilistic Object Bases. - Veronica Biazzo; Rosalba Giugno; Thomas Lukasiewicz; V. S. Subrahmanian (IEEE Trans. Knowl. Data Eng., 2003)

Searching algorithms and data structures for combinatorial, temporal and probabilistic databases. - Rosalba Giugno (2003)

Locally sensitive backtranslation based on multiple sequence alignment. - Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Marco Ragusa; Loredana Facciola; Laura Patelmo; Valentina Di Pietro; Cinzia Di Pietro; Michele Purrello; Alfredo Ferro (CIBCB, 2004)

Clustered Trie Structures for Approximate Search in Hierarchical Objects Collections. - Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Diego Reforgiato Recupero (ICAPR (1), 2005)

Multiple-Winners Randomized Tournaments with Consensus for Optimization Problems in Generic Metric Spaces. - Domenico Cantone; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Giuseppe Lo Presti; Alfredo Pulvirenti (WEA, 2005)

Distributed antipole clustering for efficient data search and management in Euclidean and metric spaces. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Misael Mongiovì; Giuseppe Pigola; Alfredo Pulvirenti (IPDPS, 2006)

NetMatch: a Cytoscape plugin for searching biological networks. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Giuseppe Pigola; Alfredo Pulvirenti; Dmitry Skripin; Gary D. Bader; Dennis E. Shasha (Bioinform., 2007)

Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtranslation. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Giuseppe Pigola; Alfredo Pulvirenti; Cinzia Di Pietro; Michele Purrello; Marco Ragusa (BMC Bioinform., 2007)

GraphFind: enhancing graph searching by low support data mining techniques. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Misael Mongiovì; Alfredo Pulvirenti; Dmitry Skripin; Dennis E. Shasha (BMC Bioinform., 2008)

BitCube: A Bottom-Up Cubing Engineering. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Piera Laura Puglisi; Alfredo Pulvirenti (DaWaK, 2009)

Distributed randomized algorithms for low-support data mining. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Misael Mongiovì; Alfredo Pulvirenti (IPDPS, 2009)

miRò: a miRNA knowledge base. - Alessandro Laganà; Stefano Forte; A. Giudice; M. R. Arena; Piera Laura Puglisi; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha; Alfredo Ferro (Database J. Biol. Databases Curation, 2009)

Business Process Model Retrieval Based on Graph Indexing Method. - Daniel Felipe Rivas; David S. Corchuelo; Cristhian Figueroa; Juan Carlos Corrales; Rosalba Giugno (Business Process Management Workshops, 2010)

An Efficient Duplicate Record Detection Using q-Grams Array Inverted Index. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Piera Laura Puglisi; Alfredo Pulvirenti (DaWak, 2010)

MySQL Data Mining: Extending MySQL to Support Data Mining Primitives (Demo). - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Piera Laura Puglisi; Alfredo Pulvirenti (KES (3), 2010)

Enhancing Graph Database Indexing by Suffix Tree Structure. - Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha (PRIB, 2010)

SING: Subgraph search In Non-homogeneous Graphs. - Raffaele Di Natale; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Misael Mongiovì; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha (BMC Bioinform., 2010)

Sigma: a Set-Cover-Based Inexact Graph Matching Algorithm. - Misael Mongiovì; Raffaele Di Natale; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Alfredo Ferro; Roded Sharan (J. Bioinform. Comput. Biol., 2010)

Behind Efficient Algorithms to Search in Graphs. - Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha (Graph Data Management, 2011)

DBStrata: a system for density-based clustering and outlier detection based on stratification. - Marco Aliotta; Andrea Cannata; Carmelo Cassisi; Rosalba Giugno; Placido Montalto; Alfredo Pulvirenti (SISAP, 2011)

Obstacles constrained group mobility models in event-driven wireless networks with movable base stations. - S. Cristaldi; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Giuseppe Pigola; Alfredo Pulvirenti (Ad Hoc Networks, 2011)

Editorial. - Paolo Romano 001; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (Briefings Bioinform., 2011)

Tools and collaborative environments for bioinformatics research. - Paolo Romano 001; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (Briefings Bioinform., 2011)

miR-EdiTar: a database of predicted A-to-I edited miRNA target sites. - Alessandro Laganà; Alessio Paone; Dario Veneziano; Luciano Cascione; Pierluigi Gasparini; Stefania Carasi; Francesco Russo 004; Giovanni Nigita; Valentina Macca; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha; et al. (Bioinform., 2012)

Drug-target interaction prediction through domain-tuned network-based inference. - Salvatore Alaimo; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno; Alfredo Ferro (Bioinform., 2013)

A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha; Alfredo Ferro (BMC Bioinform., 2013)

VIRGO: visualization of A-to-I RNA editing sites in genomic sequences. - Rosario Distefano; Giovanni Nigita; Valentina Macca; Alessandro Laganà; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Alfredo Ferro (BMC Bioinform., 2013)

Bioinformatics in Italy: BITS 2012, the ninth annual meeting of the Italian Society of Bioinformatics. - Carmela Gissi; Paolo Romano 001; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Angelo M. Facchiano; Manuela Helmer-Citterich (BMC Bioinform., 2013)

Enhancing density-based clustering: Parameter reduction and outlier detection. - Carmelo Cassisi; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Giuseppe Pigola; Alfredo Pulvirenti (Inf. Syst., 2013)

Dynamic Modeling and Simulation of Leukocyte Integrin Activation through an Electronic Design Automation Framework. - Nicola Bombieri; Rosario Distefano; Giovanni Scardoni; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Rosalba Giugno (CMSB, 2014)

GASOLINE: a Cytoscape app for multiple local alignment of PPI networks. - Giovanni Micale; Andrea Continella; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (F1000Research, 2014)

A SystemC Platform for Signal Transduction Modelling and Simulation in Systems Biology. - Rosario Distefano; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Nicola Bombieri; Rosalba Giugno (ACM Great Lakes Symposium on VLSI, 2015)

OCDB: a database collecting genes, miRNAs and drugs for obsessive-compulsive disorder. - Anna P. Privitera; Rosario Distefano; Hugo A. Wefer; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Database J. Biol. Databases Curation, 2015)

DT-Web: a web-based application for drug-target interaction and drug combination prediction through domain-tuned network-based inference. - Salvatore Alaimo; Vincenzo Bonnici; Damiano Cancemi; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (BMC Syst. Biol., 2015)

A knowledge base for Vitis vinifera functional analysis. - Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno; Rosario Distefano; Giuseppe Pigola; Misael Mongiovì; Girolamo Giudice; Vera Vendramin; Alessandro Lombardo; Federica Cattonaro; Alfredo Ferro (BMC Syst. Biol., 2015)

Post-transcriptional knowledge in pathway analysis increases the accuracy of phenotypes classification. - Salvatore Alaimo; Rosalba Giugno; Mario Acunzo; Dario Veneziano; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti (CoRR, 2015)

NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app. - Fabio Rinnone; Giovanni Micale; Vincenzo Bonnici; Gary D. Bader; Dennis E. Shasha; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (F1000Research, 2015)

SyQUAL: a platform for qualitative modelling and simulation of biological systems. - Rosario Distefano; Nickolas Goncharenko; Franco Fummi; Rosalba Giugno; Gary D. Bader; Nicola Bombieri (HLDVT, 2016)

A SystemC-based platform for assertion-based verification and mutation analysis in systems biology. - Daniele Coati; Rosario Distefano; Nicola Bombieri; Franco Fummi; Michela Mirenda; Carlo Laudanna; Rosalba Giugno (LATS, 2016)

APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Giovanni Micale; Nicola Bombieri; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Bioinform., 2016)

A novel computational method for inferring competing endogenous interactions. - Davide S. Sardina; Salvatore Alaimo; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Briefings Bioinform., 2017)

On the Variable Ordering in Subgraph Isomorphism Algorithms. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2017)

gLabTrie: A Data Structure for Motif Discovery with Constraints. - Misael Mongiovì; Giovanni Micale; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha (Graph Data Management, 2018)

An Efficient Implementation of a Subgraph Isomorphism Algorithm for GPUs. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Nicola Bombieri (BIBM, 2018)

Centrality Speeds the Subgraph Isomorphism Search Up in Target Aware Contexts. - Vincenzo Bonnici; Simone Caligola; Antonino Aparo; Rosalba Giugno (CIBB, 2018)

Simple Pattern-only Heuristics Lead to Fast Subgraph Matching Strategies on Very Large Networks. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Giovanni Micale; Alfredo Ferro; Dennis E. Shasha; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (PACBB, 2018)

cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Correction to: cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Arena-Idb: a platform to build human non-coding RNA interaction networks. - Vincenzo Bonnici; Giorgio De Caro; Giorgio Constantino; Sabino Liuni; Domenica D'Elia; Nicola Bombieri; Flavio Licciulli; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

INBIA: a boosting methodology for proteomic network inference. - Davide S. Sardina; Giovanni Micale; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Fast analytical methods for finding significant labeled graph motifs. - Giovanni Micale; Rosalba Giugno; Alfredo Ferro; Misael Mongiovì; Dennis E. Shasha; Alfredo Pulvirenti (Data Min. Knowl. Discov., 2018)

Ex Machina: Analytical platforms, Law and the Challenges of Computational Legal Science. - Nicola Lettieri; Antonio Altamura; Rosalba Giugno; Alfonso Guarino; Delfina Malandrino; Alfredo Pulvirenti; Francesco Vicidomini; Rocco Zaccagnino (Future Internet, 2018)

miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers. - Francesco Russo 004; Sebastiano Di Bella; Federica Vannini; Gabriele Berti; Flavia Scoyni; Helen Cook; Alberto Santos; Giovanni Nigita; Vincenzo Bonnici; Alessandro Laganà; Filippo Geraci; Alfredo Pulvirenti; et al. (Nucleic Acids Res., 2018)

On the Simulation and Automatic Parametrization of Metabolic Networks Through Electronic Design Automation. - Nicola Bombieri; Antonio Mastrandrea; Silvia Scaffeo; Simone Caligola; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Gabriela Constantin; Rosalba Giugno (CIBB, 2019)

LErNet: characterization of lncRNAs via context-aware network expansion and enrichment analysis. - Vincenzo Bonnici; Simone Caligola; Giulia Fiorini; Luca Giudice; Rosalba Giugno (CIBCB, 2019)

Automatic Parameterization of the Purine Metabolism Pathway through Discrete Event-based Simulation. - Simone Caligola; Tommaso Carlucci; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Gabriela Constantin; Nicola Bombieri; Rosalba Giugno (CIBCB, 2019)

Efficient Simulation and Parametrization of Stochastic Petri Nets in SystemC: A Case study from Systems Biology. - Simone Caligola; Tommaso Carlucci; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Gabriela Constantin; Nicola Bombieri; Rosalba Giugno (FDL, 2019)

A Reliable Method to Remove Batch Effects Maintaining Group Differences in Lymphoma Methylation Case Study. - Giulia Pontali; Luciano Cascione; Alberto J. Arribas; Andrea Rinaldi; Francesco Bertoni; Rosalba Giugno (IWBBIO (2), 2019)

Parallel Searching on Biological Networks. - Nicola Bombieri; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (PDP, 2019)

The 2017 Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) workshop: aims, topics and outcomes. - Paolo Romano 001; Arnaud Céol; Andreas Dräger; Antonino Fiannaca; Rosalba Giugno; Massimo La Rosa; Luciano Milanesi; Ulrich Pfeffer; Riccardo Rizzo; Soo-Yong Shin; Junfeng Xia; Alfonso Urso (BMC Bioinform., 2019)

Fast methods for finding significant motifs on labelled multi-relational networks. - Giovanni Micale; Alfredo Pulvirenti; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Dennis E. Shasha (J. Complex Networks, 2019)

CRISPRitz: rapid, high-throughput and variant-aware in silico off-target site identification for CRISPR genome editing. - Samuele Cancellieri; Matthew C. Canver; Nicola Bombieri; Rosalba Giugno; Luca Pinello (Bioinform., 2020)

MultiRI: Fast Subgraph Matching in Labeled Multigraphs. - Giovanni Micale; Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Dennis E. Shasha; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (CoRR, 2020)

netDx: Software for building interpretable patient classifiers by multi-'omic data integration using patient similarity networks. - Shraddha Pai; Philipp Weber; Ruth Isserlin; Hussam Kaka; Shirley Hui; Muhammad Ahmad Shah; Luca Giudice; Rosalba Giugno; Anne Krogh Nøhr; Jan Baumbach; Gary D. Bader (F1000Research, 2020)

MODIMO: Workshop on Multi-Omics Data Integration for Modelling Biological Systems. - Marco Beccuti; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (CIKM, 2021)

An Entropy Heuristic to Optimize Decision Diagrams for Index-driven Search in Biological Graph Databases. - Nicola Licheri; Elvio Amparone; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Marco Beccuti (CIKM Workshops, 2021)

Mining genetic, transcriptomic and imaging data in Parkinson's disease. - Guglielmo Cerri; Manuel Tognon; André Altmann; Rosalba Giugno (ICHI, 2021)

TEDAR: Temporal dynamic signal detection of adverse reactions. - Antonino Aparo; Pietro Sala; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (Artif. Intell. Medicine, 2021)

Challenges in gene-oriented approaches for pangenome content discovery. - Vincenzo Bonnici; Emiliano Maresi; Rosalba Giugno (Briefings Bioinform., 2021)

GRAPES-DD: exploiting decision diagrams for index-driven search in biological graph databases. - Nicola Licheri; Vincenzo Bonnici; Marco Beccuti; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2021)

GRAFIMO: Variant and haplotype aware motif scanning on pangenome graphs. - Manuel Tognon; Vincenzo Bonnici; Erik Garrison; Rosalba Giugno; Luca Pinello (PLoS Comput. Biol., 2021)

SystemC Implementation of Stochastic Petri Nets for Simulation and Parameterization of Biological Networks. - Nicola Bombieri; Silvia Scaffeo; Antonio Mastrandrea; Simone Caligola; Tommaso Carlucci; Franco Fummi; Carlo Laudanna; Gabriela Constantin; Rosalba Giugno (ACM Trans. Embed. Comput. Syst., 2021)

PANPROVA: pangenomic prokaryotic evolution of full assemblies. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (Bioinform., 2022)

Ten quick tips for biomarker discovery and validation analyses using machine learning. - Ramón Díaz-Uriarte; Elisa Gómez de Lope; Rosalba Giugno; Holger Fröhlich; Petr V. Nazarov; Isabel A. Nepomuceno-Chamorro; Armin Rauschenberger; Enrico Glaab (PLoS Comput. Biol., 2022)

MODIMO: Workshop on Multi-Omics Data Integration for Modelling Biological Systems. - Simone Avesani; Vincenzo Bonnici; Simone Pernice; Marco Beccuti; Rosalba Giugno (CIKM, 2023)

FAST-CON: a Multi-source Approach for Efficient S- T Connectivity on Sparse Graphs. - Leonardo Fraccaroli; Rosalba Giugno; Samuele Cancellieri; Federico Busato; Nicola Bombieri (HPEC, 2023)

APDB: a database on air pollutant characterization and similarity prediction. - Eva Viesi; Davide S. Sardina; Ugo Perricone; Rosalba Giugno (Database J. Biol. Databases Curation, 2023)

A survey on algorithms to characterize transcription factor binding sites. - Manuel Tognon; Rosalba Giugno; Luca Pinello (Briefings Bioinform., 2023)

PanDelos-frags: A methodology for discovering pangenomic content of incomplete microbial assemblies. - Vincenzo Bonnici; Claudia Mengoni; Manuel Mangoni; Giuditta Franco; Rosalba Giugno (J. Biomed. Informatics, 2023)

Motif Finding Algorithms: A Performance Comparison. - Emanuele Martorana; Roberto Grasso; Giovanni Micale; Salvatore Alaimo; Dennis E. Shasha; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (From Computational Logic to Computational Biology, 2024)

GPU-Accelerated BFS for Dynamic Networks. - Filippo Ziche; Nicola Bombieri; Federico Busato; Rosalba Giugno (Euro-Par (3), 2024)

DiGAS: Differential gene allele spectrum as a descriptor in genetic studies. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Simone Avesani; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2024)

From translational bioinformatics computational methodologies to personalized medicine. - Barbara Di Camillo; Rosalba Giugno (J. Biomed. Informatics, 2024)

Identifying the joint signature of brain atrophy and gene variant scores in Alzheimer's Disease. - Federica Cruciani; Antonino Aparo; Lorenza Brusini; Carlo Combi; Silvia Francesca Storti; Rosalba Giugno; Gloria Menegaz; Ilaria Boscolo Galazzo (J. Biomed. Informatics, 2024)

ArcMatch: high-performance subgraph matching for labeled graphs by exploiting edge domains. - Vincenzo Bonnici; Roberto Grasso; Giovanni Micale; Antonio Di Maria; Dennis Shasha; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Data Min. Knowl. Discov., 2024)

Unveiling Novel Gene-Drug-Disease Interactions with GDD-BERT. - Lorenzo Ruggeri; Eva Viesi; Andrea Betti; Rosalba Giugno (ICHI, 2025)

Benchmarking transcription factor binding site prediction models: a comparative analysis on synthetic and biological data. - Manuel Tognon; Alisa Kumbara; Andrea Betti; Lorenzo Ruggeri; Rosalba Giugno (Briefings Bioinform., 2025)

EasyCircR: Detection and reconstruction of circular RNAs post-transcriptional regulatory interaction networks. - Antonino Aparo; Simone Avesani; Luca Parmigiani; Sara Napoli; Francesco Bertoni; Vincenzo Bonnici; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2025)

An efficient solution for GPUs to the ST-connectivity problem on dynamic graphs. - Leonardo Fraccaroli; Federico Busato; Rosalba Giugno; Nicola Bombieri (Pattern Recognit. Lett., 2025)

MultiGraphMatch: A Subgraph Matching Algorithm for Multigraphs. - Giovanni Micale; Antonio Di Maria; Roberto Grasso; Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Dennis Shasha; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (ACM Trans. Knowl. Discov. Data, 2025)

APBIO: bioactive profiling of air pollutants through inferred bioactivity signatures and prediction of novel target interactions. - Eva Viesi; Ugo Perricone; Patrick Aloy; Rosalba Giugno (J. Cheminformatics, 2025)

Correction: APBIO: bioactive profiling of air pollutants through inferred bioactivity signatures and prediction of novel target interactions. - Eva Viesi; Ugo Perricone; Patrick Aloy; Rosalba Giugno (J. Cheminformatics, 2025)