ADVISe: Visualizing the dynamics of enzyme annotations in UniProt/Swiss-Prot. - Sabrina de Azevedo Silveira; Artur O. Rodrigues; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Carlos Henrique da Silveira; Wagner Meira Jr. (BioVis, 2012)

Enzymap: explorando metadados protéicos para modelagem e previsão de mudanças de anotação no Uniprot/Swiss-Prot. - Sabrina de Azevedo Silveira (2013)

GReMLIN: A Graph Mining Strategy to Infer Protein-Ligand Interaction Patterns. - Charles Abreu Santana; Fabio Ribeiro Cerqueira; Carlos Henrique da Silveira; Alexandre V. Fassio; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (BIBE, 2016)

CALI: A Novel Visual Model for Frequent Pattern Mining in Protein-Ligand Graphs. - Susana Medina G.; Alexandre Victor Fassio; Sabrina de Azevedo Silveira; Carlos Henrique da Silveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BIBE, 2017)

Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis. - Alexandre V. Fassio; Pedro M. Martins 001; Samuel da S. Guimarães; Sócrates S. A. Junior; Vagner S. Ribeiro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (BMC Bioinform., 2017)

Using supervised learning successful descriptors to perform protein structural classification through unsupervised learning. - Cleiton Monteiro; Vinício F. Mendes; Giovanni Comarela; Sabrina de Azevedo Silveira (BIBM, 2018)

An Interactive Strategy to Visualize Common Subgraphs in Protein-Ligand Interaction. - Alexandre V. Fassio; Charles Abreu Santana; Fabio Ribeiro Cerqueira; Carlos Henrique da Silveira; João P. R. Romanelli; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (IWBBIO (1), 2018)

How to compute protein residue contacts more accurately? - Pedro M. Martins 001; Vinícius D. Mayrink; Sabrina de Azevedo Silveira; Carlos Henrique da Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Raquel Cardoso de Melo Minardi (SAC, 2018)

Protein Structural Signatures Revisited: Geometric Linearity of Main Chains are More Relevant to Classification Performance than Packing of Residues. - João Arthur F. Gadelha Campelo; Cleiton Rodrigues Monteiro; Carlos Henrique da Silveira; Sabrina de Azevedo Silveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IWBBIO (1), 2019)

A Hierarchical and Scalable Strategy for Protein Structural Classification. - Vinício F. Mendes; Cleiton Rodrigues Monteiro; Giovanni V. Comarela; Sabrina de Azevedo Silveira (IWBBIO (1), 2019)

GRaSP: a graph-based residue neighborhood strategy to predict binding sites. - Charles Abreu Santana; Sabrina de Azevedo Silveira; João P. A. Moraes; Sandro C. Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; António J. M. Ribeiro; Jonathan D. Tyzack; Neera Borkakoti; Janet M. Thornton (Bioinform., 2020)

ppiGReMLIN: a graph mining based detection of conserved structural arrangements in protein-protein interfaces. - Felippe C. Queiroz; Adriana M. P. Vargas; Maria G. A. Oliveira; Giovanni V. Comarela; Sabrina de Azevedo Silveira (BMC Bioinform., 2020)

nAPOLI: A Graph-Based Strategy to Detect and Visualize Conserved Protein-Ligand Interactions in Large-Scale. - Alexandre V. Fassio; Lucianna Helene Santos; Sabrina de Azevedo Silveira; Rafaela Salgado Ferreira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2020)

Propedia: a database for protein-peptide identification based on a hybrid clustering algorithm. - Pedro M. Martins 001; Lucianna Helene Santos; Diego C. B. Mariano; Felippe C. Queiroz; Luana L. Bastos; Isabela de Souza Gomes; Pedro H. C. Fischer; Rafael E. O. Rocha; Sabrina de Azevedo Silveira; Leonardo H. F. de Lima; Mariana T. Q. de Magalhães; Maria G. A. Oliveira; et al. (BMC Bioinform., 2021)

GASS-Metal: identifying metal-binding sites on protein structures using genetic algorithms. - Vinícius de Almeida Paiva; Murillo Ventura Mendonça; Sabrina de Azevedo Silveira; David B. Ascher; Douglas E. V. Pires; Sandro C. Izidoro (Briefings Bioinform., 2022)

Protein structural bioinformatics: An overview. - Vinícius de Almeida Paiva; Isabela de Souza Gomes; Cleiton Rodrigues Monteiro; Murillo Ventura Mendonça; Pedro Magalhães Martins; Charles Abreu Santana; Valdete M. Gonçalves-Almeida; Sandro Carvalho Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Sabrina de Azevedo Silveira (Comput. Biol. Medicine, 2022)

GRaSP-web: a machine learning strategy to predict binding sites based on residue neighborhood graphs. - Charles Abreu Santana; Sandro C. Izidoro; Raquel Cardoso de Melo Minardi; Jonathan D. Tyzack; António J. M. Ribeiro; Douglas E. V. Pires; Janet M. Thornton; Sabrina de Azevedo Silveira (Nucleic Acids Res., 2022)

COCαDA - Large-Scale Protein Interatomic Contact Cutoff Optimization by Cα Distance Matrices. - Rafael P. Lemos; Diego C. B. Mariano; Sabrina de Azevedo Silveira; Raquel Cardoso de Melo Minardi (BSB, 2024)