DROPA: DRIP-seq optimized peak annotator. - Marco Russo; Bruno De Lucca; Tiziano Flati; Silvia Gioiosa; Giovanni Chillemi; Giovanni Capranico (BMC Bioinform., 2019)

ELIXIR-IT HPC@CINECA: high performance computing resources for the bioinformatics community. - Tiziana Castrignanò; Silvia Gioiosa; Tiziano Flati; Mirko Cestari; Ernesto Picardi; Matteo Chiara; Maddalena Fratelli; Stefano Amente; Marco Cirilli; Marco Antonio Tangaro; Giovanni Chillemi; Graziano Pesole; et al. (BMC Bioinform., 2020)

HPC-REDItools: a novel HPC-aware tool for improved large scale RNA-editing analysis. - Tiziano Flati; Silvia Gioiosa; Nicola Spallanzani; Ilario Tagliaferri; Maria Angela Diroma; Graziano Pesole; Giovanni Chillemi; Ernesto Picardi; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2020)

A GDPR-compliant solution for analysis of large-scale genomics datasets on HPC cloud infrastructure. - Silvia Gioiosa; Beatrice Chiavarini; Mattia D'Antonio; Giuseppe Trotta; Balasubramanian Chandramouli; Juan Mata Naranjo; Giuseppa Muscianisi; Mirko Cestari; Elisa Rossi (J. Big Data, 2025)