GimmeMotifs: a de novo motif prediction pipeline for ChIP-sequencing experiments. - Simon J. van Heeringen; Gert Jan C. Veenstra (Bioinform., 2011)

genomepy: download genomes the easy way. - Simon J. van Heeringen (J. Open Source Softw., 2017)

genomepy: genes and genomes at your fingertips. - Siebren Frölich; Maarten van der Sande; Tilman Schäfers; Simon J. van Heeringen (Bioinform., 2023)