MODIMO: Workshop on Multi-Omics Data Integration for Modelling Biological Systems. - Simone Avesani; Vincenzo Bonnici; Simone Pernice; Marco Beccuti; Rosalba Giugno (CIKM, 2023)

DiGAS: Differential gene allele spectrum as a descriptor in genetic studies. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Simone Avesani; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2024)

EasyCircR: Detection and reconstruction of circular RNAs post-transcriptional regulatory interaction networks. - Antonino Aparo; Simone Avesani; Luca Parmigiani; Sara Napoli; Francesco Bertoni; Vincenzo Bonnici; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2025)