Anwendungen und Portierungen der Programmiersprache Comskee. - Günter Hotz; Thomas Burch; W. Dorndorf; J. Messerchmidt; M. Ries; T. Schäfer (Innovative Informations-Infrastrukturen, 1988)

Praxisorientierte Datenmodellierung mit der SAP-SERM-Methode. - Michael Seubert; T. Schäfer; M. Schorr; J. Wagner (EMISA Forum, 1994)

BioMiner - modeling, analyzing, and visualizing biochemical pathways and networks. - Marite Sirava; T. Schäfer; Markus Eiglsperger; Michael Kaufmann 001; Oliver Kohlbacher; Erich Bornberg-Bauer; Hans-Peter Lenhof (ECCB, 2002)

Arclength Parametrized Hamilton's Equations for the Calculation of Instantons. - Tobias Grafke; Rainer Grauer; T. Schäfer; Eric Vanden-Eijnden (Multiscale Model. Simul., 2014)