A Bioconductor Based Workflow for Z-DNA Region Detection and Biological Inference. - Halian Vilela; Tainá Raiol; Andrea Queiroz Maranhão; Maria Emília Telles Walter; Marcelo M. Brigido (BSB, 2012)

ncRNA-Agents: A Multiagent System for Non-coding RNA Annotation. - Wosley Arruda; Célia Ghedini Ralha; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Maria Emília M. T. Walter; Peter F. Stadler (BSB, 2013)

A Pipeline to Characterize Virulence Factors in Mycobacterium Massiliense Genome. - Guilherme Menegói; Tainá Raiol; João Victor de Araújo Oliveira; Edans Flavius de Oliveira Sandes; Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo; Andrea Queiroz Maranhão; Ildinete Silva-Pereira; Anamélia Lorenzetti Bocca; Ana Paula Junqueira-Kipnis; Maria Emília M. T. Walter; André Kipnis; Marcelo de Macedo Brígido (BSB, 2013)

Excalibur: an autonomic cloud architecture for executing parallel applications. - Alessandro Ferreira Leite; Tainá Raiol; Claude Tadonki; Maria Emília M. T. Walter; Christine Eisenbeis; Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo (CloudDP@EuroSys, 2014)

Genome-Wide Identification of Non-coding RNAs in Komagatella pastoris str. GS115. - Hugo W. Schneider; Sebastian Bartschat; Gero Doose; Lucas Maciel 001; Erick Pizani; Marcelo Bassani; Fernando Araripe Torres; Sebastian Will; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Maria Emília Telles Walter; Peter F. Stadler (BSB, 2014)

Knowledge-based reasoning to annotate noncoding RNA using multi-agent system. - Wosley Arruda; Daniel S. Souza; Célia Ghedini Ralha; Maria Emília M. T. Walter; Tainá Raiol; Marcelo M. Brigido; Peter F. Stadler (J. Bioinform. Comput. Biol., 2015)

A Workflow for Predicting MicroRNAs Targets via Accessibility in Flavivirus Genomes. - Andressa Valadares; Maria Emília M. T. Walter; Tainá Raiol (BSB, 2018)

Venom Gland Peptides of Arthropods from the Brazilian Cerrado Biome Unveiled by Transcriptome Analysis. - Giovanni M. Guidini; Waldeyr M. C. Silva; Thalita S. Camargos; Caroline F. B. Mourão; Priscilla Galante; Tainá Raiol; Marcelo de Macedo Brígido; Maria Emília M. T. Walter; Elisabeth N. F. Schwartz (BSB, 2019)