GRAbB: Selective Assembly of Genomic Regions, a New Niche for Genomic Research. - Balázs Brankovics; Hao Zhang; Anne D. van Diepeningen; Theo A. J. van der Lee; Cees Waalwijk; G. Sybren de Hoog (PLoS Comput. Biol., 2016)

PanTools v3: functional annotation, classification and phylogenomics. - Eef M. Jonkheer; Dirk-Jan M. van Workum; Siavash Sheikhizadeh Anari; Balázs Brankovics; Jorn R. de Haan; Lidija Berke; Theo A. J. van der Lee; Dick de Ridder; Sandra Smit (Bioinform., 2022)