CSTminer: a web tool for the identification of coding and noncoding conserved sequence tags through cross-species genome comparison. - Tiziana Castrignanò; Alessandro Canali; Giorgio Grillo; Sabino Liuni; Flavio Mignone; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2004)

GenoMiner: a tool for genome-wide search of coding and non-coding conserved sequence tags. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Giorgio Grillo; Sabino Liuni; Flavio Mignone; Ivano Giuseppe Talamo; Graziano Pesole (Bioinform., 2006)

The PMDB Protein Model Database. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Domenico Cozzetto; Ivano Giuseppe Talamo; Anna Tramontano (Nucleic Acids Res., 2006)

ASPIC: a web resource for alternative splicing prediction and transcript isoforms characterization. - Tiziana Castrignanò; Raffaella Rizzi; Ivano Giuseppe Talamo; Paolo D'Onorio De Meo; Anna Anselmo; Paola Bonizzoni; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2006)

The MEPS server for identifying protein conformational epitopes. - Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Massimiliano Orsini; Matteo Floris; Anna Tramontano (BMC Bioinform., 2007)

A high performance grid-web service framework for the identification of 'conserved sequence tags'. - Paolo D'Onorio De Meo; Danilo Carrabino; Nico Sanna; Tiziana Castrignanò; Giorgio Grillo; Flavio Licciulli; Sabino Liuni; Matteo Re; Flavio Mignone; Graziano Pesole (Future Gener. Comput. Syst., 2007)

ASPicDB: A database resource for alternative splicing analysis. - Tiziana Castrignanò; Mattia D'Antonio; Anna Anselmo; Danilo Carrabino; A. D'Onorio De Meo; Anna Maria D'Erchia; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; Ernesto Picardi; Alberto Riva; et al. (Bioinform., 2008)

Radiation Genes: a database devoted to microarrays screenings revealing transcriptome alterations induced by ionizing radiation in mammalian cells. - Francesco Chiani; Camilla Iannone; Rodolfo Negri; Daniele Paoletti; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò (Database J. Biol. Databases Curation, 2009)

Bioinformatics approaches for genomics and post genomics applications of next-generation sequencing. - David Stephen Horner; Giulio Pavesi; Tiziana Castrignanò; Paolo D'Onorio De Meo; Sabino Liuni; Michael Sammeth; Ernesto Picardi; Graziano Pesole (Briefings Bioinform., 2010)

ExpEdit: a webserver to explore human RNA editing in RNA-Seq experiments. - Ernesto Picardi; Mattia D'Antonio; Danilo Carrabino; Tiziana Castrignanò; Graziano Pesole (Bioinform., 2011)

ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing. - Pier Luigi Martelli; Mattia D'Antonio; Paola Bonizzoni; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Paolo D'Onorio De Meo; Piero Fariselli; Michele Finelli; Flavio Licciulli; Marina Mangiulli; Flavio Mignone; Giulio Pavesi; et al. (Nucleic Acids Res., 2011)

MitoZoa 2.0: a database resource and search tools for comparative and evolutionary analyses of mitochondrial genomes in Metazoa. - Paolo D'Onorio De Meo; Mattia D'Antonio; Francesca Griggio; Renato Lupi; Massimiliano Borsani; Giulio Pavesi; Tiziana Castrignanò; Graziano Pesole; Carmela Gissi (Nucleic Acids Res., 2012)

WEP: a high-performance analysis pipeline for whole-exome data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Berardino Elmi; Matteo Pallocca; Nico Sanna; Ernesto Picardi; Graziano Pesole; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2013)

SpliceAid-F: a database of human splicing factors and their RNA-binding sites. - Matteo Giulietti; Francesco Piva; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Daniele Paoletti; Tiziana Castrignanò; Anna Maria D'Erchia; Ernesto Picardi; Federico Zambelli; Giovanni Principato; Giulio Pavesi; Graziano Pesole (Nucleic Acids Res., 2013)

ODESSA: A high performance analysis pipeline for Ultra Deep targeted Exome Sequencing data. - Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo; Tiziana Castrignanò; Giovanni Erbacci; Matteo Pallocca; Graziano Pesole (HPCS, 2014)

BioWebEngine: A generation environment for bioinformatics research. - Paolo Bottoni; Tiziana Castrignanò; Tiziano Flati; Francesco Maggi (VL/HCC, 2018)

ELIXIR-IT HPC@CINECA: high performance computing resources for the bioinformatics community. - Tiziana Castrignanò; Silvia Gioiosa; Tiziano Flati; Mirko Cestari; Ernesto Picardi; Matteo Chiara; Maddalena Fratelli; Stefano Amente; Marco Cirilli; Marco Antonio Tangaro; Giovanni Chillemi; Graziano Pesole; et al. (BMC Bioinform., 2020)

HPC-REDItools: a novel HPC-aware tool for improved large scale RNA-editing analysis. - Tiziano Flati; Silvia Gioiosa; Nicola Spallanzani; Ilario Tagliaferri; Maria Angela Diroma; Graziano Pesole; Giovanni Chillemi; Ernesto Picardi; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2020)

REDIportal: millions of novel A-to-I RNA editing events from thousands of RNAseq experiments. - Luigi Mansi; Marco Antonio Tangaro; Claudio Lo Giudice; Tiziano Flati; Eli Kopel; Amos Avraham Schaffer; Tiziana Castrignanò; Giovanni Chillemi; Graziano Pesole; Ernesto Picardi (Nucleic Acids Res., 2021)

ParSMURF-NG: A Machine Learning High Performance Computing System for the Analysis of Imbalanced Big Omics Data. - Alessandro Petrini; Marco Notaro; Jessica Gliozzo; Tiziana Castrignanò; Peter N. Robinson; Elena Casiraghi; Giorgio Valentini (AIAI (Workshops), 2022)

IGUANER - DIfferential Gene Expression and fUnctionAl aNalyzER. - Valentina Pinna; Jessica Di Martino; Franco Liberati; Paolo Bottoni; Tiziana Castrignanò (BDA (Astronomy, Science, and Engineering), 2023)

HPC-CleanSeq: A Tool for Contamination Removal in Big RNA-Seq Datasets. - Franco Liberati; Federico Giannelli; Paolo Bottoni; Tiziana Castrignanò (BDA (Astronomy, Science, and Engineering), 2024)

HPC-T-Annotator: an HPC tool for de novo transcriptome assembly annotation. - Lorenzo Arcioni; Manuel Arcieri; Jessica Di Martino; Franco Liberati; Paolo Bottoni; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2024)

HPC-T-Assembly: a pipeline for de novo transcriptome assembly of large multi-specie datasets. - Franco Liberati; Taiel Maximiliano Pose Marino; Paolo Bottoni; Daniele Canestrelli; Tiziana Castrignanò (BMC Bioinform., 2025)