A Maximum-Likelihood Approach to Force-Field Calibration. - Bartlomiej Zaborowski; Dawid Jagiela; Cezary Czaplewski; Anna Halabis; Agnieszka Lewandowska; Wioletta Zmudzinska; Stanislaw Oldziej; Agnieszka S. Karczynska; Christian Omieczynski; Tomasz K. Wirecki; Adam Liwo (J. Chem. Inf. Model., 2015)

RNArchitecture: a database and a classification system of RNA families, with a focus on structural information. - Pietro Boccaletto; Marcin Magnus; Catarina Almeida 002; Adriana Zyla; Astha Astha; Radoslaw Pluta; Blazej Baginski; Elzbieta Jankowska; Stanislaw Dunin-Horkawicz; Tomasz K. Wirecki; Michal J. Boniecki; Filip Stefaniak; et al. (Nucleic Acids Res., 2018)

MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update. - Pietro Boccaletto; Magdalena A. Machnicka; Elzbieta Purta; Pawel Piatkowski; Blazej Baginski; Tomasz K. Wirecki; Valérie de Crécy-Lagard; Robert Ross; Patrick A. Limbach; Annika Kotter; Mark Helm; Janusz M. Bujnicki (Nucleic Acids Res., 2018)

RNAProbe: a web server for normalization and analysis of RNA structure probing data. - Tomasz K. Wirecki; Katarzyna Merdas; Agata Bernat; Michal J. Boniecki; Janusz M. Bujnicki; Filip Stefaniak (Nucleic Acids Res., 2020)