High-confidence assessment of functional impact of human mitochondrial non-synonymous genome variations by APOGEE. - Stefano Castellana; Caterina Fusilli; Gianluigi Mazzoccoli; Tommaso Biagini; Daniele Capocefalo; Massimo Carella; Angelo L. Vescovi; Tommaso Mazza (PLoS Comput. Biol., 2017)

Molecular dynamics recipes for genome research. - Tommaso Biagini; Giovanni Chillemi; Gianluigi Mazzoccoli; Alessandro Grottesi; Caterina Fusilli; Daniele Capocefalo; Stefano Castellana; Angelo L. Vescovi; Tommaso Mazza (Briefings Bioinform., 2018)

A comparative benchmark of classic DNA motif discovery tools on synthetic data. - Stefano Castellana; Tommaso Biagini; Luca Parca; Francesco Petrizzelli; Salvatore Daniele Bianco; Angelo Luigi Vescovi; Massimo Carella; Tommaso Mazza (Briefings Bioinform., 2021)

MitImpact 3: modeling the residue interaction network of the Respiratory Chain subunits. - Stefano Castellana; Tommaso Biagini; Francesco Petrizzelli; Luca Parca; Noemi Panzironi; Viviana Caputo; Angelo L. Vescovi; Massimo Carella; Tommaso Mazza (Nucleic Acids Res., 2021)

Connecting the dots: A practical evaluation of web-tools for describing protein dynamics as networks. - Francesco Petrizzelli; Tommaso Biagini; Salvatore Daniele Bianco; Niccolò Liorni; Alessandro Napoli 003; Stefano Castellana; Tommaso Mazza (Frontiers Bioinform., 2022)