Quality classification of tandem mass spectrometry data. - Jussi Salmi; Robert Moulder; Jan-Jonas Filén; Olli Nevalainen; Tuula A. Nyman; Riitta Lahesmaa; Tero Aittokallio (Bioinform., 2006)

Pripper: prediction of caspase cleavage sites from whole proteomes. - Mirva Piippo; Niina Lietzén; Olli Nevalainen; Jussi Salmi; Tuula A. Nyman (BMC Bioinform., 2010)