Mesures Hiérarchiques pondérées pour l'évaluation d'un système semi-automatique d'annotation de génomes utilisant des arbres de décision. - Lucie Gentils; Jérôme Azé; Claire Toffano-Nioche; Valentin Loux; Anne Poupon; Jean-François Gibrat; Christine Froidevaux (EGC, 2008)

Mapping Reads on a Genomic Sequence: An Algorithmic Overview and a Practical Comparative Analysis. - Sophie Schbath; Véronique Martin; Matthias Zytnicki; Julien Fayolle; Valentin Loux; Jean-François Gibrat (J. Comput. Biol., 2012)

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie. - Vincent Henry; Arnaud Ferré; Christine Froidevaux; Anne Goelzer; Vincent Fromion; Sarah Cohen Boulakia; Sandra Dérozier; Marc Dinh; Ghislain Fiévet; Stephan Fischer 002; Jean-François Gibrat; Valentin Loux; et al. (IC, 2016)

Synchronized navigation and comparative analyses across Ensembl complete bacterial genomes with INSYGHT. - Thomas Lacroix; Sylvie Thérond; Marc Rugeri; Pierre Nicolas; Annie Gendrault; Valentin Loux; Jean-François Gibrat (Bioinform., 2016)

The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes. - Vincent Henry; Anne Goelzer; Arnaud Ferré; Stephan Fischer 002; Marc Dinh; Valentin Loux; Christine Froidevaux; Vincent Fromion (J. Biomed. Semant., 2017)

L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne. - Claire Nédellec; Estelle Chaix; Robert Bossy; Louise Deléger; Sandra Dérozier; Jean-Baptiste Bohuon; Valentin Loux (EGC, 2018)

Easy16S: a user-friendly Shiny web-service for exploration and visualization of microbiome data. - Cédric Midoux; Olivier Rué; Olivier Chapleur; Ariane Bize; Valentin Loux; Mahendra Mariadassou (J. Open Source Softw., 2024)