Enhancing Graph Database Indexing by Suffix Tree Structure. - Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha (PRIB, 2010)

A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti; Dennis E. Shasha; Alfredo Ferro (BMC Bioinform., 2013)

DT-Web: a web-based application for drug-target interaction and drug combination prediction through domain-tuned network-based inference. - Salvatore Alaimo; Vincenzo Bonnici; Damiano Cancemi; Alfredo Ferro; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (BMC Syst. Biol., 2015)

NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app. - Fabio Rinnone; Giovanni Micale; Vincenzo Bonnici; Gary D. Bader; Dennis E. Shasha; Alfredo Ferro; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (F1000Research, 2015)

APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Giovanni Micale; Nicola Bombieri; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Bioinform., 2016)

On the Variable Ordering in Subgraph Isomorphism Algorithms. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2017)

An Efficient Implementation of a Subgraph Isomorphism Algorithm for GPUs. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Nicola Bombieri (BIBM, 2018)

Centrality Speeds the Subgraph Isomorphism Search Up in Target Aware Contexts. - Vincenzo Bonnici; Simone Caligola; Antonino Aparo; Rosalba Giugno (CIBB, 2018)

Simple Pattern-only Heuristics Lead to Fast Subgraph Matching Strategies on Very Large Networks. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Giovanni Micale; Alfredo Ferro; Dennis E. Shasha; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (PACBB, 2018)

cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Correction to: cuRnet: an R package for graph traversing on GPU. - Vincenzo Bonnici; Federico Busato; Stefano Aldegheri; Murodzhon Akhmedov; Luciano Cascione; Alberto Arribas Carmena; Francesco Bertoni; Nicola Bombieri; Ivo Kwee; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

Arena-Idb: a platform to build human non-coding RNA interaction networks. - Vincenzo Bonnici; Giorgio De Caro; Giorgio Constantino; Sabino Liuni; Domenica D'Elia; Nicola Bombieri; Flavio Licciulli; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2018)

An Informational Test for Random Finite Strings. - Vincenzo Bonnici; Vincenzo Manca (Entropy, 2018)

miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers. - Francesco Russo 004; Sebastiano Di Bella; Federica Vannini; Gabriele Berti; Flavia Scoyni; Helen Cook; Alberto Santos; Giovanni Nigita; Vincenzo Bonnici; Alessandro Laganà; Filippo Geraci; Alfredo Pulvirenti; et al. (Nucleic Acids Res., 2018)

LErNet: characterization of lncRNAs via context-aware network expansion and enrichment analysis. - Vincenzo Bonnici; Simone Caligola; Giulia Fiorini; Luca Giudice; Rosalba Giugno (CIBCB, 2019)

Parallel Searching on Biological Networks. - Nicola Bombieri; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (PDP, 2019)

MultiRI: Fast Subgraph Matching in Labeled Multigraphs. - Giovanni Micale; Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Dennis E. Shasha; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (CoRR, 2020)

A maximum value for the Kullback-Leibler divergence between quantum discrete distributions. - Vincenzo Bonnici (CoRR, 2020)

A word recurrence based algorithm to extract genomic dictionaries. - Vincenzo Bonnici; Giuditta Franco; Vincenzo Manca (CoRR, 2020)

MODIMO: Workshop on Multi-Omics Data Integration for Modelling Biological Systems. - Marco Beccuti; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (CIKM, 2021)

An Entropy Heuristic to Optimize Decision Diagrams for Index-driven Search in Biological Graph Databases. - Nicola Licheri; Elvio Amparone; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno; Marco Beccuti (CIKM Workshops, 2021)

A k-mer Based Sequence Similarity for Pangenomic Analyses. - Vincenzo Bonnici; Andrea Cracco; Giuditta Franco (LOD, 2021)

TEDAR: Temporal dynamic signal detection of adverse reactions. - Antonino Aparo; Pietro Sala; Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (Artif. Intell. Medicine, 2021)

Challenges in gene-oriented approaches for pangenome content discovery. - Vincenzo Bonnici; Emiliano Maresi; Rosalba Giugno (Briefings Bioinform., 2021)

GRAPES-DD: exploiting decision diagrams for index-driven search in biological graph databases. - Nicola Licheri; Vincenzo Bonnici; Marco Beccuti; Rosalba Giugno (BMC Bioinform., 2021)

GRAFIMO: Variant and haplotype aware motif scanning on pangenome graphs. - Manuel Tognon; Vincenzo Bonnici; Erik Garrison; Rosalba Giugno; Luca Pinello (PLoS Comput. Biol., 2021)

Spectral concepts in genome informational analysis. - Vincenzo Bonnici; Giuditta Franco; Vincenzo Manca (Theor. Comput. Sci., 2021)

Italian IT Initiatives against COVID-19 (Dataset). - Vincenzo Bonnici; Giovanni Cicceri; Salvatore Distefano; Letterio Galletta; Marco Polignano; Carlo Scaffidi (Zenodo, 2021)

PANPROVA: pangenomic prokaryotic evolution of full assemblies. - Vincenzo Bonnici; Rosalba Giugno (Bioinform., 2022)

Infogenomics - The Informational Analysis of Genomes - Vincenzo Manca; Vincenzo Bonnici (Springer, 2023)

MODIMO: Workshop on Multi-Omics Data Integration for Modelling Biological Systems. - Simone Avesani; Vincenzo Bonnici; Simone Pernice; Marco Beccuti; Rosalba Giugno (CIKM, 2023)

BIOCHAIN: towards a platform for securely sharing microbiological data. - Vincenzo Bonnici; Vincenzo Arceri; Alessio Diana; Flavio Bertini 001; Eleonora Iotti; Alessia Levante; Valentina Bernini; Erasmo Neviani; Alessandro Dal Palù (IDEAS, 2023)

A Machine Learning Approach for Source Code Similarity via Graph-Focused Features. - Giacomo Boldini; Alessio Diana; Vincenzo Arceri; Vincenzo Bonnici; Roberto Bagnara (LOD (1), 2023)

An Investigation to Test Spectral Segments as Bacterial Biomarkers. - Silvia Astorino; Vincenzo Bonnici; Giuditta Franco (UCNC, 2023)

PanDelos-frags: A methodology for discovering pangenomic content of incomplete microbial assemblies. - Vincenzo Bonnici; Claudia Mengoni; Manuel Mangoni; Giuditta Franco; Rosalba Giugno (J. Biomed. Informatics, 2023)

Seven quick tips for gene-focused computational pangenomic analysis. - Vincenzo Bonnici; Davide Chicco (BioData Min., 2024)

DiGAS: Differential gene allele spectrum as a descriptor in genetic studies. - Antonino Aparo; Vincenzo Bonnici; Simone Avesani; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2024)

A Maximum Value for the Kullback-Leibler Divergence between Quantized Distributions. - Vincenzo Bonnici (Inf., 2024)

ArcMatch: high-performance subgraph matching for labeled graphs by exploiting edge domains. - Vincenzo Bonnici; Roberto Grasso; Giovanni Micale; Antonio Di Maria; Dennis Shasha; Alfredo Pulvirenti; Rosalba Giugno (Data Min. Knowl. Discov., 2024)

EasyCircR: Detection and reconstruction of circular RNAs post-transcriptional regulatory interaction networks. - Antonino Aparo; Simone Avesani; Luca Parmigiani; Sara Napoli; Francesco Bertoni; Vincenzo Bonnici; Luciano Cascione; Rosalba Giugno (Comput. Biol. Medicine, 2025)

MultiGraphMatch: A Subgraph Matching Algorithm for Multigraphs. - Giovanni Micale; Antonio Di Maria; Roberto Grasso; Vincenzo Bonnici; Alfredo Ferro; Dennis Shasha; Rosalba Giugno; Alfredo Pulvirenti (ACM Trans. Knowl. Discov. Data, 2025)