An Extensible Framework for Genomic and Metagenomic Analysis. - Luciano A. Digiampietri; Vivian M. Y. Pereira; Camila I. Costa; Geraldo J. dos Santos Júnior; Fernando M. Stefanini; Caio R. N. Santiago (BSB, 2014)

Homology Detection Using Multilayer Maximum Clustering Coefficient. - Caio R. N. Santiago; Vivian M. Y. Pereira; Luciano A. Digiampietri (J. Comput. Biol., 2018)

A gene based bacterial whole genome comparison toolkit. - Luciano Antônio Digiampietri; Vivian Mayumi Yamassaki Pereira; Geraldo José Santos-Júnior; Giovani Sousa-Leite; Priscilla Koch Wagner; Leandro Márcio Moreira; Caio Rafael do Nascimento Santiago (RITA, 2019)